如同幕府的军部一样，只要幕府一声令下，完全服从！忍者组织有一定的自主权。但这样的自主权，在一个幕府面临灭顶之灾时，也就不管用了。到了那个时候，不管愿不愿意，忍者必将倾巢而出，全力辅佐所属的幕府，参与战争。
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像如今的君麻吕、阿夜，都还算不得真正的忍者，因为他们还没有通过最基础的尾部下忍考核。只有通过了考核，赋予其可以显示出忍者等级的额徽，才算是一个忍者。
每一次的忍者等级考核，都是由三大派系的所有需要参加考核的忍者们混合参加的。也只有这个时候，三大忍系才可以共同和平出现在一个地方。
忍者考核，不论死活，派系的领头人，不得进行额外的私斗，否则，将受天诛！——这条不成文的条文，从千年以前就流传至今了。而那虚幻的，所谓的‘天诛’，并不是虚张声势，违反条文者，确实会遭到莫名诛杀。
譬如，六百年前，有一次上部中忍考核时，伊贺流中一个前途光明的年轻中忍在与纪伊流一个中忍比试时，被纪伊流那个中忍用了些下三滥手段击杀后，伊贺流当时领头的那个上忍一怒之下，杀了纪伊流那个中忍，引发了纪伊流上忍和伊贺流上忍的私斗。结果，两人在第二天分别被莫名暗杀。
至于是谁杀的，这到目前为止还是一个谜。
只是自此，‘天诛’二字，再也没有人认为只是个玩笑。