9月14日，透过御坂网络获取有关“树形图设计者”的残骸的消息，为防止“树形图设计者”被修复、实验再开，离开医院暗中帮忙，击溃了夺取“残骸”的结标淡希，并将其持有的“树形图设计者”的核心粉碎。
大霸星祭前夕，面对打算邀请其担任大霸星祭“选手宣誓”工作的委托人，未等其开口就不由分说地将其打成濒死。
GROUP全员
9月30日，与最后之作、芳川桔梗一同出院，并搬到黄泉川爱穗家。在找寻走失的最后之作过程中遇到了茵蒂克丝并请她吃东西，钱包被她花光。傍晚时分与最后之作遭到了木原数多所率领的猎犬部队的袭击，几度陷入绝境，因虐杀猎犬部队被警备员通缉，最后在演算能力尽失的情况下生成“黑翼”将木原数多轰飞。对学园都市欠下了八兆日元的债务，被迫加入暗部组织“集团（Group）”，投身黑暗保护光明。
10月3日，接受上层命令去镇压发生暴乱的武装无能力集团“SkillOut”，在肃清其首领驹场利德的过程中被他的言行所触动。傍晚，暗助被“SkillOut”受命追杀的御坂美铃。
10月9日，参与镇压学园都市暗部组织“学校”和“区块”发动的大规模叛乱事件。和土御门元春一同妨碍了“学校”佣兵砂皿致密对理事亲船最中的狙杀；中了“区块”佐久未彦的圈套，在干掉“人员”的查乐后摧毁了卫星通信用地面天线台，学园都市的卫星监视机能瘫痪。在与学园都市第二位的超能力者垣根帝督的较量中由于矢量操作能力被对方正面解析而一度被动，但最终还是通过强大的计算能力成功解析了未元物质而击败垣根帝督，随后由于垣根帝督刺穿黄泉川爱穗的举动被激怒而暴走，踩爆垣根帝督，最终在最后之作的安抚下得以恢复理智。事后，与“集团”的其他成员暂时组成战友关系，共同追查学园都市最高机密“龙（Dragon）”的真面目，试图以这些情报信息为本钱，与高层的人进行对等谈判。
但是，统括理事会理事潮岸对他们的擅自行动开始感到焦躁。10月17日，潮岸在利用“集团”镇压迎电部队后，企图将追查“龙”的“集团”肃清。为此，一方通行找到同样是理事的亲船最中并得到了她的帮助，同“集团”一起攻入到潮岸的官邸。遇到“龙”的真面目爱华斯，面对爱华斯压倒性的力量，一方通行的“黑翼”束手无策，向她挑战却身受重伤。最后遵循爱华斯的提示，带着最后之作前往了俄罗斯。
10月30日，在俄罗斯击破对俄军货运列车发动攻击的学园都市精锐部队并获得羊皮纸，在俄空军基地部分反射了成教魔法师的攻击后发觉了“不可思议的法则”的存在。但遭到学园都市空降的番外个体的袭击，由于番外个体的精神攻击几近崩溃，并迁怒于经过的上条当麻。展开“黑翼”的一方通行在经过与上条当麻鏖战后昏死过去，被上条移送到伊利沙里纳独立国同盟。在那里，以提供自己的能力控制法作为条件，与番外个体和解。
在讨伐大天使“神之力”的战斗中，与科学天使风斩冰华一起猛攻“神之力”。在上条当麻破坏了“神之力”维持力量的根基、后方之水强行将构成“神之力”的一半“天使之力”引入体内后，“神之力”开始崩塌变回了力量团块。当这股庞大的力量爆炸之际，一方通行透过操作来自风斩冰华的庞大力量形成球状防护墙，将爆炸包覆其中，并在内侧强加力量予以撕裂，使得“天使之力”烟消云散。在风斩冰华的提示下，由番外个体从御坂网络中提取出“930事件”中茵蒂克丝所咏唱的“歌”。一方通行利用从爱华斯的攻击中获取的“不可思议的法则”从羊皮纸中读取了所需要的参数并咏唱“歌”（如假包换的魔法），将最后之作脑中的病毒清除。
在右方之火通过“伯利恒之星”投下的天使之力之际，一方通行以自己的意志发动了“黑翼”。伴随流露“我也想永远跟你（最后之作）在一起”的感情，一方通行的“黑翼”随之进化为“白翼”。挥动“白翼”的一方通行冲向八千米高空，成功阻挡住了天使之力，右方之火计划彻底失败。此后，通过与学园都市的交涉，与最后之作、番外个体回到学园都市，一方通行则称之为“凯旋”。
新约
11月5日，与最后之作和番外个体一同回到了学园都市。但落入学园都市的阴谋，为解救作为暗部组织“新入生”袭击目标的芙蕾梅亚·塞维伦，与滨面仕上并肩作战。两人最后与同魔法结社“黎明晨光（又译:绯色日照）”的蕾薇妮雅·柏德蔚从北极归来的上条当麻会合。接受了蕾薇妮雅·柏德蔚对“魔法”知识的讲解。当追踪“幻想杀手”而来
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