其次，在特种部队飞龙军的骚扰下，被骗来的山南西道节度使牛勖率军抵达凤翔的时日被大幅度拖延，直到凤翔兵变之后两日这才抵达凤翔附近。
只可惜这个时候大局已定，山南西道的三万精兵在多达十几万的军队面前，根本起不了什么作用。更不用说由于不适应特种作战和游击作战，山南西道军被骚扰的军队战斗力大幅度下降，更翻不起什么大浪了。
不过，为了尽量减少伤亡和损失，李俨还是首先把由于缺乏情报根本就不清楚凤翔城虚实的牛勖骗入凤翔城，将其下狱与田令孜关在一起，然后再解除了其军队的武装。
这支军队李俨最先并没有去动它，只是让他们驻扎在凤翔外，然后通过种种方法安定其心，让军心稳定下来。
当时，全大唐上下的军队，估计也只有李俨手上掌握的军队所受的待遇最好。山南西道军虽然没有李俨手上的直属军队三卫军和白虎军团待遇好，比起以前却好了不少。再加上李俨亲自来到其营中，加以抚慰，并保证只要效忠朝廷，就既往不咎。除了处理了极少数牛勖亲信之后，整支军队的情况大致保持不变，同时待遇还更加上升。由于是为朝廷效力，心中也没有以前为田令孜效力的患得患失。当然，也少不了对动摇军心的人铁腕处理等等。种种因素加起来。很快山南西道军就稳定下来。
这个时候，白虎军团基本上也已经整编完毕。于是李俨将山南西道军内部编制打乱调动，务必让其中有可能结成团伙地人不能集中在一起。然后他将山南西道军的一部分调如白虎军团，而同时将白虎军团中的同样人数的一部分调入山南西道军。这样一调动，即使有人心怀异志，不说完全没有机会发作，至少其发作的可能性也小了许多。
随后。李俨命令将原山南西道军改编成新的中央军团：朱雀军团。
整编的负责人，被称为整训官。以黄俦为总整训官，钱炳正为副整训官。这两人都是李俨亲自提拔地人才。
从此整训官一职，作为军队整编训练的主官被保留下来，成为军官中战斗系统、后勤系统之外地第三个系统：整训系统。目前暂时归李俨直接任命，在军机省中挂名。将领亲自训练亲兵以外部队的权力被剥夺。一切军队的训练都必须由整训官进行。整训官的升迁调动直接由军机省新成立的总整训部负责，与普通战斗类士兵由总参谋部管理其调动升迁不同。
以后军队主官（包括主将和参谋军官。李俨在赤卫军成立初期就设定了参谋制度。规定团以上的军事编制都必须有参谋军官）只管打仗属于总参谋部管理，军队训练由整训官负责属于总整训部管理。而后勤辎重则由后勤系统官兵负责属于总后勤部管理。再加上由总政治部任命调动的负责对军队洗脑地“政委”和由“捕风”下属的“军事情报部”、“捉影”下属的“军事安全部”任命调动的特制兵符掌握者“明虎符使”、“暗虎符使”，彼此各司其职，互不统属，在保证军队战斗力的同时，最大限度的杜绝了被人钻空子控制军队的现象出现。
这样一来，军机省下辖总后勤部、总参谋部、总整训部、总政治部四部。（捕风、捉影、鹰眼都属于情报机构，直属于李俨控制。不在政府体制中。）三省六部再变为四省八部后，又变成了四省十部。
同时。来鹄将手下捉影营移交给副手，李俨最早培养的人才之一，赐姓李地李良接手，彻底告别情报机构，被任命为总参谋部主官总参尚书。（总参谋部的主官为“总参尚书”，总整训部的主官为“总训尚书”。总政治部的主官为“总政尚书”，四部的副官称为某某侍郎。这与其他各部一样。各部尚书皆为正三品。各部侍郎皆为正四品）
秦韬玉被任命为总后尚书。他最先的官职是工部侍郎，到凤翔后加了个“左补阙”。后来李俨看他对物资调动管理颇有心得和干才，成立军机省后，将其迁为总后勤部主官总后尚书，管理军队后勤辎重。他倒也不负所望，兢兢业业，有条不紊，相当称职，尤其是在三卫军出动伏击黄巢军地时候。军用物资短时间内调动到位。让三卫军能够尽快尽量隐秘的出动，立下了大功。得到李俨的嘉奖。
总政尚书一职空缺。这一职务需要在军中德高望重，同时又对李俨忠心耿耿的人担任。目前并没有合适的人选。其职责暂时由李俨委托内廷运筹处代理。
总训尚书目前也没有正式的人选担任。在李俨的计划中，整训部人选将由军校副主官担任。目前这一职务暂时由方彻兼任。
军校也已经初步建立了起来。其实李俨在终南山的练兵，即称得上是练兵，又可以说是军校的雏形。为了纪念终南练兵，李俨将军校命名为终南讲武堂。等还都长安之后，将会迁回终南山原来练兵处。军校大祭酒也就是军校校长由李俨亲自担任，这一点是必需的。军校祭酒，也就是副校长由方彻担任。
军校成立后，由于教育人才地缺乏，往往是军中现役将
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