以东地区连年水旱灾害，州县官吏不以实情上报朝廷，上下蒙骗，百姓却大批饿死，处于水深火热中的农民无处控诉，只好相聚为盗，以求生路，于是到处盗贼成群，犹如蜂起云涌。唐地方州县的兵员很少，加上过了很长一段时间的太平日子，一般人也久不习惯于战阵，每次遭遇盗贼，官军多半被打败。
僖宗即位的第二年，也就是乾符二年（875）五月，濮州（治所在今山东鄄城东北）人王仙芝于濮阳（河南濮阳西南）聚众数千人起义，自称“天补平均大将军兼海内诸豪都统”，并发布檄文，指责官吏贪污者很多，赋税很重，赏罚不平，号召广大农民起来造反。六月，王仙芝及其同党尚君长攻陷濮州、曹州（治所在今山东定陶西南），众至数万人。冤句（曹州西）人黄巢聚众数千人响应王仙芝。最终埋葬唐王朝统治的轰轰烈烈的王仙芝、黄巢农民起义拉开了帷幕。
乾符四年（877）正月，王仙芝攻破鄂州。七月，王仙芝、黄巢共攻宋州，因作战失利而撤围远去。八月，王仙芝又先后攻下安州、随州，生俘随州刺史崔休徵。接着，又转战于复州、郢州等地。十一月，驻兵于邓州的唐招讨副使、都监杨复光对王仙芝再次招降，王仙芝遣尚君长前往接洽，又被唐朝廷起用的宋威于中途劫取了尚君长。十二月，宋威向僖宗奏称是在颍州作战时生俘的尚君长，杨复光又揭穿了宋威的谎言。二人争功求赏心切，互不相让，僖宗派人查处，也难明真相，结果尚君长被杀，迫使王仙芝继续与唐军进行战斗。
乾符五年（878）二月，唐招讨使曾元裕于黄梅和王仙芝义军进行决战，结果王仙芝战败被杀，余众在尚让率领下参加了黄巢的队伍。
王芝仙的义军虽然失败了，但是黄巢的军队仍然存在，他们继续跟朝廷战斗，并最终攻陷长安，随后黄巢建立了大齐政权，改元金统。
黄巢军攻陷长安时，僖宗在田令孜所率五百神策兵的保护下，惶惶如丧家之犬逃离长安，一直跑到了剑南的成都。这是本朝历史上第三次皇驾播迁了，也是最长的一次，皇帝在外共颠沛流离了数年之久，才回到长安。
中和元年（881）正月，僖宗到达成都。二月就任命凤翔节度使郑畋为宰相兼京城四面诸军行营都统。郑畋是坚决与起义军为敌的死硬派，僖宗南逃后，关中各地还有唐军数万人，他派人到处联络，想把这些军队组织起来，对抗黄巢。他还约朔方节度使唐弘夫、泾原节度使程宗楚共同讨伐黄巢军。当黄巢派人对他进行招降的时候，他又杀了黄巢的使者，以示决不投降。
四月，唐各路大军逼近长安，黄巢主动放弃长安，移军霸上。唐军入城后，肆意抢掠，秩序混乱，黄巢乘机反攻入城，唐军溃不成军，死者十之，程宗楚、唐弘夫均被义军所杀。这次胜利，又大长了起义军的声威。
然而，黄巢再克长安后，并没有继续扩大战果，彻底消灭唐军残余势力，而是仍然仅据有以长安为中心的部分地区。这给了唐王朝宝贵的喘息机会。
中和二年（882）四月，以中书令兼诸道行营都统王铎为首的各路唐军又逼近长安，起义军所辖地区仅只长安到同州（治所在今陕西大荔）、华州（治所在今陕西华县）一带。由于人口增多，生产也受战争的影响，粮价大幅度上涨，斗米值三十缗钱。九月，黄巢的同州防御使朱温向唐投降，更增加了大齐政权的困难。十二月，沙陀首领李克用率军四万人自河中渡河，到关中同州。中和三年（883）二月，李克用与其他唐军和起义军将领尚让十五万之众大战于乾阬、梁田陂一带，结果起义军失利，损失数万人。在东西两面受敌的情况下，李克用又不断派人潜入长安在暗中捣乱。黄巢感到形势颇为不利，遂发兵三万人，扼守蓝田通往中原的交通要道。
中和三年（883）四月，黄巢与李克用等唐军在长安激战以后，撤出长安，经蓝田、商州东去。五月，黄巢军名将孟楷进攻蔡州，蔡州节度使秦宗权投降。接着，又攻陈州。由于陈州刺史赵犨早有准备，加强城防，存积粮草，多募勇士，大大提高了陈州的防御能力，故而起义军初战不利，孟楷牺牲。十二月，赵犨求援于邻道，许州节度使周岌、武宁节度使时溥、宣武节度使朱全忠（即朱温，他降唐后，僖宗赐名全忠），都出兵增援。这些援军仍然不及黄巢军力强大，他们又共求救于河东节度使李克用。中和四年（884）二月，李克用率蕃、汉兵五万人自陕、河中渡河而东，向陈州进发。
李克用会许、汴、徐、兖各路唐军，于四月攻克黄巢在陈州以北的据点太康，又攻陷黄巢在陈州以西的据点西华，黄巢被迫退军故阳里。陈州也就解围了。五月，黄巢向大梁转进，朱全忠向李克用求援，在中牟北一战，起义军战败，尚让向时溥投降。黄巢余众不足千人，东向兖州。六月，黄巢与少数义军到狼虎谷（今山东莱芜西南），自感势单力薄，难有东山再起的可能，遂自刎而死。黄巢死后，虽然还有他的侄子黄浩领导其余部继续进行反唐斗争
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