《神奇勇敢》是尊重以下故事主线进行创作，主要是为了保证故事的严谨性。除此之外还将大量的引用官方关于神奇宝贝的资料，来确保《神奇勇敢》的故事情节。
石英联盟
01.就是你了神奇宝贝！（小智、小茂登场，小智得到皮卡丘并看到凤王）
02.在神奇宝贝中心的决斗（小霞加入，火箭队登场）
03.终于捉到神奇宝贝了（小智收服绿毛虫并→铁甲蛹，收服比比鸟）
04.少年武士的挑战（小智的铁甲蛹→巴大蝴）
05.皮卡丘要进行特训！（小刚加入，小智得到灰色徽章）
06.很多皮皮在这里（小刚收服超音蝠）
07.美女四人组（小智得到蓝色徽章）
08.百战百胜的小明
09.深山里的贵族学校
10.猜不到有意外收获（小智收服妙蛙种子）
11.失去主人的小火龙（小智得到小火龙）
12.杰尼龟军团登场（小智收服杰尼龟）
13.正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）
14.电击大对决（小智得到橙色徽章）
15.超级油轮的战斗
16.海上漂流记
17.荒岛历险记
18.清保高的假期
19.巨大的神奇宝贝，都市大袭击（小霞收服墨海马）
20.在夏天出现的鬼神奇宝贝
21.巴大蝴再见（小智的巴大蝴离队）
22.凯西，超能力大决斗
23.在神奇宝贝塔收服幽灵
24.鬼斯通对抗超能力（小智得到黄金徽章）
25.火爆猴，别生气哦!（小智收服火爆猴）
26.艾莉嘉和臭臭花（小智得到彩虹徽章）
27.索利柏与神奇宝贝催眠（小霞得到可达鸭）
28.美容街，饲育家大决斗（小刚得六尾）
29.格斗神奇宝贝大决斗（小智的火爆猴离队）
30.小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
31.好多地鼠（武藏的阿柏蛇→阿柏怪，小次郎的瓦斯弹→双弹瓦斯）
32.浅红道馆的忍者决斗（小智得到粉红徽章）
33.火焰的神奇宝贝大赛跑
34.袋龙的摇篮曲
35.迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
36.暴风雨的单车路
37.百变怪跟模仿少女
（旧）38：电脑战士3D龙（停播）【详见3D龙事件】
1998.4.16起每周四19：00(北京时间18：00)东京电视台播出
38.皮卡丘的森林
39.伊布四兄弟
40.醒来吧！卡比兽！
41.神奇宝贝道馆的决斗
42.椰蛋树军团大前进（小智的小火龙→火恐龙）
43.派拉斯跟派拉斯特
44.胖丁唱歌吧
45.复活？化石神奇宝贝（小智的火恐龙→喷火龙，得到蛋）
46.吉利蛋的病历簿
47.卡蒂狗跟小次郎
48.大葱鸭的鸭
49.波克比是谁的呢（蛋孵化成波可比，小霞得到）
50.妙蛙种子的不思议花园（小智的妙蛙种子学会阳光烈焰）
51.激斗！神奇宝贝娃娃节（武藏收服大舌头）
52.儿童节全员大集合
53.警犬卡蒂狗
54.按快门的机会是皮卡丘
55.神奇宝贝鉴定考
56.抚养家的秘密（亚马多、小三郎登场）
57.燃烧吧！红莲道馆
58.决战红莲道馆（小智得到深红徽章）
59.克美波美岛
60.华蓝道馆，水中战斗（小霞把墨海马和宝石海星存在道馆）
61.皮皮对抗胖丁
62.常磐道馆，最后的徽章（小智得到绿色徽章）
63.神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶（小智的妈妈得到吸盘魔偶）
64.迷唇姐的圣诞节
65.用大岩蛇露营
66.宿敌大决斗，大木研究所
67.当呆呆兽变成呆河马的时候
68.踏浪皮卡丘的传说
69.植物园的
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