X圣战过后，一切都如同启示录兽最后的预言那样悄然进行。
皇家骑士团与反叛军团的两败俱伤，导致数码宝贝世界除了作为融合体的黄龙兽外再也没有任何究极体级别的数码兽。在黄龙兽作为新的统治者掌管数码世界的前期，数码兽们确实获得了短暂的和平。
但是就像在濡湿天空的雷雨中，从房间里目睹到的闪电般转瞬即逝。
天明时的色彩被再度抹去。天使与恶魔之间的纷争，人型数码兽与兽型数码兽之间的战争，大大小小的战争像被注射了催化剂般爆发性增长。只要是参与战争甚至被战争波及的数码兽，都会被化身为暴君的黄龙兽强制抹去。
这种行为不是拯救，只是靠着拯救世界的华丽理由进行屠杀。
长时间的战争使得这个世界处在崩溃的边缘，数码兽的数量不断地减少着，死亡的恐惧笼罩着它们，像西伯利亚的囚徒般锁上沉重的枷锁关进黑暗的牢狱。
生命逐渐凋零的大地凄凉得仿佛随时要被下一阵风冻结成冰。一味追求杀戮，黄龙兽的行为最终遭受到最高天使的审判。
十二翼天使，又被称为光明兽，不给对方还手机会，以压倒性的力量终结了黄龙兽的暴政。它同时令还存活着的数码兽明白，即使进化成究极体，依然存在凌驾于它们之上的成长期。
六翅兽，以它独有的强大力量取代黄龙兽的位置，为了治疗战争留下的伤痕，引导世界走向新的时代，复活圣战中消失的三大天使：究极天使兽，基路比兽以及神圣天女兽。
但是，即使聚集光明与希望、堪称完美的王，同样步入黄龙兽的后尘。
‘蓦然’暴虐起来的天使不断削减数码兽的数量激发种族之间的战争，甚至传闻要进攻人类世界。最终被所有数码兽排斥，数码世界里在三大天使的引导下成功突破进化成究极体的十位数码兽，以生命为代价结束六翅兽的统治。
战争的色彩却未被抹去。以小丑皇为首的黑暗四天王不断煽动恶魔与天使，病毒与资料及疫苗间的矛盾，以频繁的战争削减三大天使的战力同时使它们分裂。
黑暗四天王追求的东西与光明兽类似却又完全不一样，它们只是单纯地杀戮。
生命在一次次的战争中不断变强，但是死亡的命运却没有任何改变。不断重复着同样的悲剧，看似不断进化成长其实这个世界自那场圣战后根本就没有得到进化。
伊古德拉希尔方舟计划的第一阶段，是通过散播病毒感染数码兽使其自相残杀，就如同生物的DNA分子会为了适应新的环境出现变异一样，X抗体的出现象征第一阶段的成功，最好的证明就是多路兽的诞生。
与其说是病毒，不如说是某种程序。通过更改进化时产生的二进制代码，变异成三进制，无法适应这份程序的数码兽就会发生数据错乱，在获得强大力量的同时失去理智。
名称是Matrix.evolution,矩阵演变。
普通数码兽会为了免疫感染而去争夺X抗体，引发不断的战争。
表面上命令皇家骑士武力介入减少数据，真实目的却是在削减数据的同时借助战争的扭曲观察人类孩子的力量。
紧接着，自身一部分数据化为启示录兽，解决皇骑，制造黑暗四天王。
失去皇家骑士的维护，数码世界就会成为乱世。统治者不断替换。直到黑暗四天王的出现，现在进入第一阶段后半部分。
以玄内为首的‘监视者’，为了阻止黑暗四天王的肆意妄为，借鉴了圣战中成长的四圣兽，决定再次借助人类孩子的力量。
翻阅无数的资料，选中一次‘偶然’事件中目击到数码宝贝的孩子们，根据数码世界所需要的品质，为了生存而去战斗的勇气、帮助同伴的友情、追求和平的纯真、化悲伤为坚强的爱、探索方舟计划的知识、能被信任的诚实、给予动力的希望以及在黑暗中仰望的光明，选取对应的拯救者。
采取神圣天女兽与究极天使兽身上的部分数据，注入进光明与希望，被他们视为最重要的两只数码兽身上。
但是他们却没有料到也不会料到，隐藏很好的基地，根本不会有任何数码兽知道的秘密基地，却不知道怎么回事被黑暗四天王得知，除了玄内外的成员全被杀害，而他也被小丑皇埋下了黑暗种子。拥有神圣天女兽力量的数码蛋，也在逃命的途中掉落于某片森林的一角。
在拯救者到来之前，为了对付黑暗四天王的势力，玄内在接下来的时间里利用手中所有的资源，解开了黄龙兽的部分封印。
因为黑暗的影响，黄龙兽被迫分解，四圣兽被迫从究极体退化到完全体。
让8位拯救者发挥出数码兽的真正力量来终结黑暗，为了确保这项计划成功进行，神圣计划的最初之作，即扫描初代4个孩子及它们数码兽的数据后制造出来的试验品，前不久已经引导被选中的人进入了数码世界。
作为从远古时期少数存活下来的
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