为什么剿匪会惹出大明官府？原因是不少海盗是官匪勾结或士绅暗中支持的，当地官员为海盗出头谎报军情也有可能。这一来他们也可以将护卫队水军当海盗上报，而沈磊计划将岛屿上居民全部移送台湾也会被官府看作强盗行为，为此双方发生冲突是必然的。
这也是之前执行靖海计划的难题之一，而此时福建水师确实是还有一定的力量及比较敢战的将领如沈有容与俞大猷之子俞咨皋等人。不似郑芝龙崛起时沈有容垂死，俞咨皋已死，福建水师更加衰落。
与大明官府发生冲突特别是千人级以上的战斗非沈磊所愿，而随着护卫队水军执行靖海计划这个可能几乎是必然的。这也让之前他对继续推行靖海计划越来越犹豫，担心荷兰人来时惹起几方攻击。
这当然也不是他要等俞咨皋死后再执行，如郑芝龙一样。实际上他只是在等荷兰人来决战获胜才好进行，因为此前大明官府肯定会小瞧护卫队，只要闻讯护卫队将岛屿居民也迁走可能一二千兵力也会出动来打自己。这一来将他们歼灭有些于心不忍，不理睬又不可能，所以又是一件麻烦事。
或者说与荷兰人一战获胜后执行靖海计划大明官府就会眼开眼闭，任沈磊在沿海岛屿纵横？这个当然不大可能的。
但他的情形与荷兰人是二回事，荷兰人占澎湖乃是长期占领，还作为商港之用的。沈磊的目的是清剿海盗与移走居民，相比长期占据他的行为只是短短几天，总的执行时间也分成一个个小阶段，地点也是流动的。
因此下面对上面汇报蛮有借口：不是我不愿阻击，而是对方流窜作案；或者文过饰非颠倒因果，将之说成海盗来了被打败赶走了。
这些当然是个好借口，但为让大明官府不作为沈磊又采取了在沿海各地贴无头贴的办法。无头揭贴也就是古代小字报，起匿名举报、控诉、污蔑之类作用，反正是无力反抗用此出气、控诉或恶语中伤所用。
沈磊借用这方法在一些城市贴出揭贴，告知自己只是清剿海盗，不会占岛不走，再具名华民护卫队，乃是降低官府误判才下必须武力夺回的决心。
这是让官员们有个退路，一座山有强盗经过暂住与占据完全是二码事，他的意思是向官府说明一下只是暂时行动不会长期不走。当然仅如此也作用可能有限，关键是他现在的实力大涨，小地方没资本对抗，大部队集中与备战费时费钱，如他们已经知道护卫队实力再知道目的就减少误判盲动。
因为轻松打败荷兰人沈磊决定休整一下就开始执行已暂缓的靖海计划，此时他不怕海盗抱团。而且证明战斗力加上用揭贴放风自己的目的，大明官府出来搅局的可能性也极微，因而可以一改过去只从边角清剿，这次行动力度会更大。
只是力度再大也得将与荷兰人一战的经验教训总结好，将安葬抚恤死伤者、表彰等后事处理好才能展开。等这些处理定当，让士兵们放假轮休一下到八月底靖海计划浙江段第二阶段剿海匪就开始了。
行动开始五艘威海、二艘陆舟加十几艘平海探海哨海浩浩荡荡直奔花鸟岛(长礁嘴岛改名)。这次行动沈磊并没有过去，而是让陈近仁、田顺平等五个营级干部组成一个联合指挥组，规定了大的原则，具体事情就由五人商讨决定。
这也不是完全用集体代替个人，因为沈磊还规定水面作战由陈近仁作最后决定，而岛屿上清剿与登陆战由田顺平作最后决定，但他们的合作事务必须在联合指挥组上讨论。
这是首次有大部队在外作战而沈磊没有亲自过去，不过也很正常的过程，他知道其实迟早会有这一天的。特别是他的计划是先台湾、再沿海、后南洋，一路都是大大小小岛屿，只有培养手下独立作战能力才行。所以对荷兰人一战他也不对临场指挥多说什么，况剿匪实在是风险不大。
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