传说在很久很久以前，世界各地陨石频发，大地还只是一片荒芜，所有的人类都只能在世界上苟延残喘的生活着，这时从混沌中深处出现了一枚精灵蛋，不知过了多久，这枚精灵蛋终于成功孵化出世界上第一只神奇宝贝——阿尔宙斯。
阿尔宙斯不忍看到人类在陨石下覆灭，直接击碎了陨石，并利用身上的18块石板创造出各种各样的神奇宝贝，在人类与神奇宝贝们的共同努力下下，世界终于变得丰富多彩起来，阿尔宙斯看着生机盎然的新世界满意的重新回归了创世神殿中继续沉睡了。经过很久很久的演变之后，18系精灵们分别演化出一名精灵王代替着阿尔宙斯管理着神奇宝贝们。
但是，有部分人类永远都不会得到满足，为了他们的自己欲望和自私大肆捕杀和奴役神奇宝贝,导致神奇宝贝大量的减少，甚至有人还将目光投向了各系精灵王的身上。
于是第一场神奇宝贝与人类的战争就在这样的情况下爆发了，人类在绝对的劣势的情况下输掉了战争，各种非法捕捉神奇宝贝的盗猎者们受到了应有的惩罚，而且发誓永远不会肆意伤害和奴役神奇宝贝，这才熄灭神奇宝贝们的怒火，而神奇宝贝联盟也在这种情况下应运而生了。
就这样，人类与神奇宝贝继续相安无事共同生活了几十年。
但第一颗神奇宝贝球的诞生打破了这种平稳的局面。那时的神奇宝贝球只要能承受住神奇宝贝的能量就可以直接无视神奇宝贝的意愿，强制将神奇宝贝们关押进神奇宝贝球内。虽然联盟将神奇宝贝球与各种研究报告摧毁，但仍有个研究员将部分的研究报告藏了起来。于是人类的野心再次燃起，黑市里面大量‘黑暗球’彻底泛滥起来！
精灵王与神奇宝贝联盟很快行动起来，大量的黑市人员被捉、黑暗球的生产基地被摧毁，于是各地的黑市人员纷纷成立各种各样的反派组织和精灵联盟展开了第二次人类与神奇宝贝的战争，有的反派组织的消亡了，也有新的反派组织的诞生。这场战争就这样持续了上千年的时间，有大量的人类和神奇宝贝在这场自相残杀的战争中失去宝贵的生命，直到有一天有一对劲敌走上了历史舞台。
仁树，神奇宝贝联盟历史上最年轻的冠军，年仅15岁的他就成功登上联盟冠军的宝座，带领着联盟成员巡游世界各地演讲，大肆宣扬“神奇宝贝即家人”的理念，一时间成为世界各地人们的偶像，受到大家的追捧，反派组织的理念也渐渐不被人们接受，反派组织渐渐从新一辈人的眼中渐渐褪去了。
晴彦，联盟首席搜查官，在联盟大赛决赛上惜败于仁树，从此将仁树视为自己一生的劲敌，在仁树在世界各地宣扬理念的同时晴彦带领四天王在世界各地打击着冒头的反派组织。
在两人的默契配合下，反派组织被一个个连根拔起，反派组织只能在世界各地苟延残喘着。18精灵王见此大喜，纷纷将自己的一部分力量赐给两人，希望可以将反派组织彻底摧毁。反派组织见大势已去，竟然选择铤而走险将目标放在了阿尔宙斯上。
希斯，希鲁夫公司的合法继承人，暗地里却是反派组织的首领，一直执着于‘黑暗球’的制造中，他一直坚信终会有一种完美的‘黑暗球’可以收服世界上任何一只神奇宝贝。却因仁树两人的打压不得不放弃自己的研究，在看到两人得到18精灵王的力量后，将目光投向了沉睡中的阿尔宙斯，于是拿上还处于研究状态下的‘黑暗球’带着小弟们来到了创世神殿。
仁树两人也察觉出希斯的真实身份，虽然惊讶对方将目标放在阿尔宙斯身上，但也没时间再考虑其他，带上希鲁夫快速赶到了创世神殿。双方一言不合直接开打，希斯一行人渐渐不敌起来。
“希斯，放弃吧，你们已经没有机会了！”仁树看着气喘吁吁的希斯道。（两人曾答应希鲁夫不伤害希斯。）
“放弃？不可能，我的想法马上就要实现了，我的研究成果将会轰动这整个世界，我不可能在这里放弃！”希斯看着仁树愤恨道。
“希斯，你还要执迷不悟到什么时候。”希鲁夫指着希斯痛恨道。
“我怎么是执迷不悟，我这不是在准备让希鲁夫公司名扬天下，不是你梦寐以求的事吗？”希斯看着希鲁夫道。
“你…”希鲁夫难以置信的看着希斯。
“无论如何，你们现在已经败了。”晴彦看着希斯道。
“败了？你们未免也太小看我了吧，现在才是最好的机会，我一直等着这一刻，哈哈哈，我的梦想就要实现了。”希斯拿出遥控按下了红色骷髅按钮疯狂的笑道。
“糟了，仁树…”晴彦察觉不妙喊道。
‘嘭~’一道震耳欲聋的声音从远处传来，一片火光快速的将众人淹没，希斯则是先一步靠着飞行器离开了炸弹的波及范围，整个神殿都开始摇晃起来，不断的有碎石瓦屑从高空坠落，烟雾慢慢散开，一道淡蓝的波导盾将晴彦等人保护起来，至于希斯的手下则是没有这么好的运气了
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