以参加芳缘联盟为目标而持续旅行的小智与瑟蕾娜，如今来到了距离第六个道馆所在地——茵郁镇不远的地方。
“今天天气很好耶，接下来的道馆挑战赛也一定和今天的天气一样…”小智用手指向太阳兴奋道。
“皮—卡，皮—”皮卡丘也学着小智一样的动作叫道。
“小智，真是的。”瑟蕾娜无奈的看着小智道。
“仸~库”炎耳狐也轻蔑了看了皮卡丘一眼。（白痴）
这时原本阳光明媚的天气突然被一片乌云遮住了，然后下起倾盆大雨起来。
“为什么会突然下雨啊。”小智用手遮着头向前跑，准备寻找可以避雨的地方。
“那边有棵树，我们去避雨吧。”瑟蕾娜指着不远处的大树对着小智道，两人开始往大树底下跑去。
谁知刚到大树底下，大雨就已经停下了，两人还没有从庆幸中回过神来，就刮起了强烈的暴风雪。
“这到底是怎么一回事啊。”两人只好继续往前跑，一会儿后，天气突然又开始放晴了。
“搞什么鬼啊。”小智不满的抬头望天道。
“两位不好意思，你们没事吧，刚才的天气改变是我们的研究所造成的。”这时跑过来一男一女两个穿着白大褂的人，身上分别趴着一只漂浮泡泡和百变怪。
“改变天气，你们是怎么办到的。”瑟蕾娜看着两人疑惑道。
“对了，还没有自我介绍，我们是天气研究所的人，我是所长巴鲁，这位是米莉。”两人自我介绍道。
“你们好，我是小智，这位是我的同伴瑟蕾娜。”小智也介绍道。
“如果，你们不介意的话，大家要不要到我们的研究所休息一下呢。”巴鲁对着两人邀请道。
“那么我们就不客气了。”小智对着巴鲁感激道。
“看，那里就是我们的天气研究所。”走了一段路后，巴鲁指着山上的建筑介绍道。
“然后那个巨大的天线就是天气控制机。”米莉指着旁边山崖上的建筑继续介绍道。
“这么说，就是那个机器创造出各种天气的啰。”瑟蕾娜看着崖壁上的天线道。
“一点都没错。”米莉点头道。
天气研究所。
“那么米莉就麻烦你带领小智他们到里面去吧。”巴鲁对着米莉道。
“我就知道，山下的那种奇异的天气就是你们造成的吧。”这时众人身后传来一道小智非常熟悉的声音，小智和瑟蕾娜回头望去，果然小茂带着背包身边漂浮着一只神奇宝贝对着众人道。
“小茂，你怎么会在这里。”小智惊讶的看着小茂道。
“我可是正在做神奇宝贝修行，和你这种漫无目的的训练家不同的。”小茂依旧像平常一样讥讽着小智。
“你说什么…”小智也像平常一样轻易就被小茂挑起了怒火。
“这个不是3D龙嘛，你从哪里得到的。”瑟蕾娜看着小茂身边漂浮的神奇宝贝道。
“3D龙？”小智掏出神奇宝贝图鉴对着神奇宝贝。
“3D龙，虚拟神奇宝贝，可以将全身转回程序数据并进入电子空间。因为有防拷贝保护，所以无法复制。”图鉴里传来声音。
“还是瑟蕾娜你了解嘛？不像某个笨蛋一直要靠神奇宝贝图鉴才行。”小茂看了小智手里的图鉴取笑道。
“你说什么…”小智收回图鉴气愤的看着小茂。
“那个…你们几位认识吗？”巴鲁看着三人道。
“那个…因为我们都是从真新镇出来旅行的，所以…”瑟蕾娜尝试着解释道。
“既然这样，米莉带他们一起去参观一下研究所吧。”巴鲁对着米莉继续道。
“来吧，各位，请这边走。”米莉小姐点了点头，带领着小智三人进入了研究所。
“我们这里的电脑，会接收来自世界各地的资料，这其中也有被称为‘天灾地变’的资料，你们知道吗？”米莉小姐对着三人介绍道。
“哦，原来是这样啊。”小智激动的看着米莉小姐道。
这时研究所的上空飞过一架飞船。
“这里就是中央机械室。”米莉带着三人来到研究所中心指着身下的研究设备道。
“哇，好惊人哦，有好多从来都没有看过的机器耶。”小智激动的看着身下研究机械道。
“小智，快看那边。”瑟蕾娜发现设备中心的摄影机中出现水舰队的飞船。
“那个是水舰队。”小智看着飞船上熟悉的标记道。
“什么，水舰队…”米莉看着小智两人惊讶道。
“他们是一群利用神奇宝贝做坏事的人，依照他们的行为模式来看，他们应该是过来抢走天气控制器的才对。”小智看着屏幕
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