在阿尔宙斯和四大序列图腾的操纵下，一场场天灾降临，全球的气候不知不觉间改变。第三序列图腾甚至选择了始祖之鸟凤王和温和之龙洛奇亚作为图腾使者用火与水的力量来改变气候，世界渐渐变得寒冷，最终进入冰河时代……
寒冷无关固拉多、盖欧卡、裂空座三者之战，却让其他龙族受到毁灭般的打击。空间之神帕路奇犽不愿龙族灭绝，在远离神奇宝贝星球的地方创造了龙之世界让少量幸存的龙族生存，阿尔宙斯并不知晓，时间之神帝牙卢卡却知道，于是引发两者的不和。帝牙卢卡认为此举有朝一日必然会成为神奇宝贝世界的大患。
在龙之时代结束后，为了让气候回暖，第三序列图腾不仅直接造就了土地云、龙卷云、雷电云等气候神奇宝贝的图腾使者，还有一体便掌握水火之力的波尔凯尼恩等数量众多的传说神奇宝贝。
世界的环境开始慢慢回暖，冰河时代渐渐结束。第四序列图腾终于选择了这一时期出现的恩赐之鹿哲尔尼亚斯和破坏之鸟伊裴尔塔尔作为图腾使者分别掌握生命之力和死亡之力，并且安排秩序神奇宝贝Z龙基格尔德来制约二者的平衡……
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