随着吴兴祚等人一死一俘一逃，潮州之战已经到了尾声，自知以仅有的千数兵力无法对抗郑军反卷回来的浪头的潮州府选择了上吊自尽，剩下的清军在瞅见郑军严密的阵形后开城投降，法光寺一线的清军也在稍后散逃，至此郑军终于获得了潮州之战的最终胜利。
不过，郑军在广东的胜利并不能改变当前严峻的局势。
早在七月十三日，御驾亲征的康熙率直隶、山东、河南等地兵马并禁旅八旗前锋营、虎枪营、骁骑营等部五万人开抵江宁，虽然江南的炎热天气使得上述各部暂时无力继续进军，但随后从安徽、江西等地汇聚的部队使得屯驻在江南的清军兵力超过了八万，而更令明郑方面不安的是，布置在苏南浙北的近六万清军得以彻底脱出手来南下。
七月二十七日，次第南下的苏浙清军顶着台风抵达温台地区，除一部对太平一线的郑军实施封堵外，余部直趋鳌江，屯兵苍南。但是由于南雁荡层峦迭嶂崎岖难行的地貌，清军迟迟无法突破浙闽边境，只能不断的用血肉换取蔡元书部且战且退。
有鉴于直接进军福宁十分困难，清军被迫绕经道路同样难行的仙霞关一线，但是西线清军尚未入闽，引以为内应的福建邵武镇便被自福州西进的左右勇卫军所击破，南平、顺昌、邵武、建阳、浦城等地相继落入郑军手中。福建总兵毛洪言随即在闽西、闽西北大肆召集新兵，组建了左右邵武、左右南平等四个师。
清军也曾试着从赣南进军闽西，但是王新化率经过改编的两个师万余人自宁化越过武夷山攻入赣南石城，旋即克宁都州，守城宁都营全军覆没，此后王新化又在雩都击溃南赣镇总兵麾下吉安营、兴国营、文英营，永镇营，横冈营等部，兵逼赣州城下。
由于江西止有两镇绿营，其中九江镇大部已经东调江宁，剩下的又要震慑赣西防止义军死灰复燃，因此身兼江西水陆师提督的于成龙只能一方面亲赴抚州督战，另一方面向湖北、湖南两省请求援兵。不过湘省绿营中的镇溪营、河溪营、绥宁营、长安营、保靖营左营、镇溪营、河溪营等部已经相继开入广东，因此无力大肆援助江西，只有湖北派出了提标三营、黄州协一部以及蕲州、兴国、均光等营头辗转入赣。
但王新化此时犯了一个战略上的错误，为了获得郑克臧许诺的江西总兵的职务，他没有趁着赣南清军兵力不足的机会扩大占领区，反而顿兵于赣州坚城之下碰得头破血流。八月十七日，鉴于清军援兵纷至沓来，王新化被迫自会昌州方向退回闽西固守。
八月二十日，江南地区的盛夏接近尾声，康熙率兵离开江南趋苏州而杭州。
九月初七，康熙抵达杭州，随即召开军事会议，决定以一部先攻象山、太平，其余各军在浙江分两路，在江西分两路，在广东分一路，五路围攻福建。
总boss一声令下，清军顿时有如打了鸡血一样。九月十一日，捷报首先从太平传往杭州，在清军的反复攻打下，洞头都督府被迫撤出在太平的部队，并撤出了全部的屯民。为了激励清军的斗志，康熙千金市骨，当即简拔指挥作战的台州镇副将桦善为镶白旗汉军副都统。如此一来，前线的清军便愈发的疯狂了。
九月十三日，就在郑克臧击败吴兴祚所部的当天，清军在付出极大代价后终于在南路逼近象山县城，为了避免无谓的损失，洪磊下令将海龙骧师第二团所部尽数撤往舟山。不过为了反击清军咄咄逼人的势态，郑军旋即在苏北再度登陆，对两淮盐场大肆破坏之后，才在狼山镇剩余的守军目视下扬长而去。
九月十四日至九月十七日间，郑军北方舰队连续炮击蓬莱、黄县、福山、宁海、海阳、胶州、登州等地，并派兵上岸掠夺人口。对此，曾经担任过江宁织造的山东巡抚桑额一方面命令绿营登州镇严防死守，一方面向杭州和北京同时飞报，不过其在上奏的折子中称道，这是郑军黔驴技穷的表现，意在围魏救赵，山东有能力自保云云。
九月十九日，清军以长江水师各营、太湖水师营、京口将军水师营等保留下来及重建的水师单位发起对舟山的登陆作战，由于清军水师不敢光明正大的越过杭州湾从宁绍等较近的地方进击昌国本岛，所以清军被迫从松江出发，水程远了不说，还在出航后不久为郑军通报船所查侦。郑军舟山分舰队旋即调集全部软帆炮船扬帆出航，在滩许山、大白山西北洋面顺利截击了清军舟船。最终，郑军以船大胜船小，以炮多胜炮少，一举击沉击毁清军船只二十九只，俘获另外十五只及船上一千余官兵，其余清军舟船四下逃窜，利用郑军追击同伴时不克分身之际才得以逃出生天，不过清军强行登陆昌国、岱山等地的图谋就此泡汤了。
水师的再次惨败并没有打消康熙
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