李自成和张献忠，占领了福建，又接管了平潭岛，把朱聿键和黄宗羲等人捆，向朱由崧报捷。并请示朱由崧的旨意，对朱聿键和黄宗羲等人如何处置？
朱由崧高兴之余，对朱聿键和黄宗羲等人的处置，与对永历帝朱由榔等人的处置不同，不管怎么说，他们是主动投降。朱由崧传旨把朱聿键削职为民，在京师给他修了一处小院子，让他住着。
虽然没有了王爵成了老百姓，朱聿键仍然感激涕零，知道朱由崧已经对他开了天恩，在这个院子里一住，直到终老，这也算得了善终。
对黄宗羲朱由崧也没杀，知道这是明清时期的一个大人物，什么思想家，经学家，天学家，历史学家，他的价值全在他的学问，因此罚他面壁思过三个月之后，然后投进了东林书院，也是大名的皇家书院，让他继续做学问。
黄宗羲痛改前非，从此不问政事，跟其他东林学子一样，潜心研究学问。
此时郑芝龙率领几千水师舰队，放弃平潭岛之后，打算退守澎湖列岛，因为澎湖列岛还有他的军队。
但是行至半路，得到报告说，澎湖列岛已经被他儿子郑成功拿了下来，岛的郑家军全部归顺了朝廷。
被儿子挖了墙角，郑芝龙气的大骂:“逆子不孝！……改道回日本！”