京营兵和操法水师整肃之后，除了赵之龙和马士英的死忠之外，又抓几个罪大恶极作奸犯科者，这边卢九德把马士英父子、赵之龙、阮大铖、朱国弻、越其杰、许国定等人的案子也调查处理完毕。
有内阁的奏折，有太监的口头启奏，朱由崧认真地看，认真地听，然后传旨将如受阮大铖迫害下狱的陈贞慧、方以智等无罪之人释放，将一批罪大恶极之人如马士英、朱国弻、越其杰等押往菜市口处斩。
旨意传出，处斩名单人心大快，然对释放之人不少人颇有微词。主要是一些御使言官，他们私下里纷纷来提醒朱由崧，说陈贞慧和方以智可是复社的骨干成员，他们与东林党一唱一合专爱与朝廷作对，空谈误国，妄议朝政，放了他们倒不如借此机会除之，省得他们时常乌鸦叫。
对这种言论，朱由崧付之一笑，“功是功，过是过，一码归一码。”
这些御使言官讶然，我们的陛下什么时候变得心胸如此开阔了？