罪至此，也实在是求之不得，他悔恨不已，暗骂自己罪有应得，死有余辜。
朱由崧在午门之外处斩了郑彩，京城的风波算是平息了。
然后朱由崧传旨令郑鸿逵为征南大元师，郑成功为副元帅，给他十万兵马出征福建，操江水师提督刘孔昭带一万水师随之出征听用。
临起兵之时，朱由崧告对郑鸿逵和郑成功道：“郑芝龙虽然犯下不赦之罪，但朕念其多年来守边有功，大败过荷兰鬼子和倭冠的侵扰，功德无量，只要其愿弃暗投明，接受招安，并把朱聿键交给尔等带回京师，朕仍然可以既往不咎，让他官复原职，继续坐镇福建当他的南安伯。”
“陛下已经仁至义尽了，请陛下放心，我等一定奉旨而行，皇恩如此浩荡，郑芝龙再执迷不悟，实属十恶不赦，我等只有大义灭亲……”郑鸿逵和郑成功感激涕零，点齐兵马，炮响三声，十万大军浩浩荡荡离开京师，到南京与操江水师会合，然后远征福建。