近一段时间，学园都市并不平静，不过几个晚上的时间，就出现了仿佛世纪更替般的惊天事件......
猎犬部队近乎团灭，木原数多被杀！
数百个御坂妹妹被盗！
某个神经病人工智能的到来时间不长，却真的改变了太多的事情，他打破了学园都市的秩序。彻底的使学园都市的势力划分重新洗牌。
学园都市这盘复杂的棋局遭到了前所未有的变动，各个势力纷纷调整计划部署，暂时放下了以前的利益争夺和旧日恩怨，共同将矛头对准了那个神经病人工智能。他们必须优先处理掉这个棘手的“杀戮者”，不然，学园都市一日不得安宁！
那个人工智能，就是来掀棋盘的！
凡是总有意外者，木原幻生就是一个最鲜明的例子，他明知当时凌焰在袭击木原数多时就撂下了狂言，让木原幻生洗好脖子等着被他杀，可木原数多一点都不在乎人工智能的宣言，他觉得这个人工智能的袭击行动就是雷声大雨点小，不就杀了自己一个手下和打伤了几个能力者吗？有什么可值得在意的？
但是为了以防万一，木原幻生还是撤离了木原集团的总部，之前第七位“空间使者”差点杀了他的经历宛如噩梦般依旧回荡在他的脑海中，虽然第七位可能消停下来了，但这个疯子人工智能也不能小觑，killer在国际上的赫赫凶名是靠着罪犯们的尸山血海堆积起来的。
不过，木原幻生还是和亚雷斯塔一样低估了凌焰的威胁，他的想法，是无时不刻的在变换着的，人类永远猜不到一个患有严重神经病的人工智能会在想什么，木原幻生即使躲到了天涯海角，也逃不脱人工智能的掌心。只是凌焰现在忙碌于其他的事情，暂时无暇顾及木原幻生。
在这座以高科技作为话题的学园都市当中，能力者的话题永远不会过时，而站在能力者顶端的8位超能力者，更是学园都市永远的中心。
除了第三位超电磁炮“御坂美琴”生活在学园都市的阳光下，其余的超能力者，都曾涉及过学园都市的黑暗一面，对这座表面光鲜亮丽的城市另一面有着深深的了解。
御坂美琴是一个天真烂漫的女孩，她始终快乐和自由自在的生活在学园都市的阳光一面，从未意识到过学园都市的黑暗一面的存在。殊不知，至少学园都市高层默许的两项血腥实验计划都与她息息相关。
年幼时的御坂美琴，曾为了治疗肌肉萎缩症而向宣称以治疗肌肉萎缩为目的的樋口制药·第七药学研究中心提供了dna图谱。于是，美琴的dna情报，被正式登陆于学园都市书库中。
（御坂零号因此而产生，并有了后来的一系列事件。所以，第七位的千影源和食蜂操祈都对美琴没什么好感，认为正是她没有保护好她的dna图谱，才导致了后来悲剧的发生）
学园都市中，有着一个“超电磁炮的dna被用来制造军事用途的复制人”的都市传闻，但是由于围绕着美琴打转的荒谬谣言多到数不清，所以美琴并没有把这个谣言当真，但她的心中不免还有一定的疑惑，于是在好友“守护神”初春饰利的帮助下，结合自己的电磁能力，她们入侵了学园都市的“书库”，震惊的得知了“超能力者量产计划”的存在。
同时，美琴想起来了年幼时曾经在医院捐献过dna图谱的事情。于是，美琴以此为契机，打算潜入到樋口制药·第七药学研究所调查“量产型能力者计划”，却得知，这个研究所就是前几天新闻上报道过的，遭到了恐怖袭击的地点，相关的负责人全都死了！（killer干的）
这下可好，唯一的线索都断了，袭击者的身份不明，但是那个袭击者却毁灭了研究所的一切，“超能力者量产计划”肯定也没法开展了。
认为自己调查清楚真相后的美琴，心情放松了不少。可没过几天，她却又在公园中见到了自己的克隆体御坂9982号。在通过初春饰利翻译出了从克隆体处得到的密码后，美琴得知了另一项实验“绝对能力者进化计划”正在进行，并于一天深夜亲眼目睹了御坂9982号被一方通行杀戮的场景！
这时，美琴才真正的知道了，御坂妹妹们并没有被停止实验，只是被转移到了另一个更加血腥的实验中！
以非神之躯，领悟神之意志。是木原一族一直在竭力追求的，而超能力者量产计划，因为没有达到预期的效果，而成为了绝对能力者计划的铺垫。
超能力者量产计划失败了，克隆出来的结果，是两万个能力只有lv2的御坂妹妹克隆体，但是很快，木原幻生又提出了绝对能力者进化计划，两万个御坂妹妹有了新的作用，就是作为实验品，供一方通行猎杀，让他达到真正的lv6级别。”而这以上，就是绝对能力者进化计划和超能力者量产计划的所有内容了。
御坂美琴快要崩溃了，因为她的疏忽，没有保存好自己的dna图谱，才导致了这一切，将近一万个御坂妹妹已经永远的死去了，她竟然还毫不知情，如果不是亲眼目睹了御坂998
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