就这样，在命运的捉弄下三日月侥幸活了下来。一年后，在加拉尔霍恩的ms研发中心，一名红发高挑身穿一身工作服的女技术员正在询问有关新机体的事情，而此人赫然就是当初那名红发女技术人员，而她此时的正在检查对于巴巴托斯二号机的最终调试。
这架二号巴巴托斯是根据当年巴巴托斯的残骸里保存的资料为基础开发的，据说，当时在发现密箱（技术人员给金属立方体起的名字）后，技术人员便将还残存的巴巴托斯运会科研所进行分析，而三日月则被安排接受治疗，以便为后续计划做准备。
在对残骸的分析中，技术人员发现，巴巴托斯骨架的运行系统有别于其他高达骨架，甚至于，在其中央处理器当中还发现其具备一定的自主运算能力，换句话说，巴巴托斯具有一定的自我意识，这一发现惊呆了所有的技术人员，要知道虽然ma也具备自我思考能力，但它们并不具备自我意识，而由加拉尔霍恩制造的其他高达骨架则完全由人脑通过阿赖耶识系统控制，别说自主意识了，就连像ma一样自主思考都无法做到。
于是为了探究这一秘密，技术人员就对其进行了大量研究，最终结果表面，巴巴托斯之所以会有这样的能力，原因就在于密箱，于是，技术人员又展开了对于密箱的研究，但因为密箱有着一层及其严密的保护机制，无论用什么办法都无法对其进行解析，甚至于扫描都做不到，而且对于密箱的来源技术人员也是一头雾水，在场的人除了知道它很神秘之外，对其一无所知，而有关其来源的资料又在三百年前的那一场战争中遗失了，根本无从考究。
就这样，研究一时陷入僵局，直到一次意外的发现才扭转了这一局面，技术人员在一次实验中发现密箱对于巴巴托斯的驾驶员也就是三日月奥格斯的脑电波有着强烈的共鸣，借助这一发现，工作人员对于密箱的研究进展迅速推进，而随着研究的深入，研究人员却越来越搞不清楚密箱的真实来历，很明显，密箱所蕴含的技术根本就不是地球上的技术，但却在里边找到了有关亚哈普反应炉，纳米图层装甲，ma自主超级计算机相似的技术。
之后，这一发现便上报给了高层，后经加拉尔霍恩最高领导人来斯达尔艾里安的批准，将以前一直保存在档案室最深处的资料翻出来对比，最后发现，原来像亚哈普反应炉等科技产物是人类仿造密箱内科技的产物，而据此瑞测密箱很有可能是外星造物，并在几百年以前被人类发现，也就是在那时，亚哈普反应炉才得以问世。
于是有了这层发现后加拉尔霍恩高层便投入了大量资金让技术人员去研究密箱，于是，随着研究的深入，人类得到了好几项最新的技术，比如体积更小当出力却更强的超亚哈普反应炉，新固态物质，真空瓦尔塞克斯电场涡环推进系统等新星技术。
虽然得到了最新的科技，但因为其造价十分昂贵，且火星与地球正在爆发冲突，预计不久将会有战争爆发，受此刺激研究人员不得不将新得到的技术，全部应用到新ms的开发上，而巴巴托斯二号机便是最终产物。
而随着冲突愈演愈烈，火星与地球已经到了剑拔弩张的地步，于是，高层便临时决定，将巴巴托斯二号机尽快完工，用以作为对付火星使用的秘密武器，而新制造出来的巴巴托斯二号机的表现也让加拉尔霍恩的高层十分满意，接连几次测试都取得了相当不错的结果。
新的巴巴托斯较比原型号的巴巴托斯在各方面都有着不俗的提升，最新型的超亚哈普反应炉的运用使得巴巴托斯的出力有着质的飞跃，这种新的反应炉子不仅出力是老式反应炉的四倍以上，而且还可以与其他超亚哈普反应炉相互作用形成共振立场，使得反应炉的输出功率更强，达到一加一大于二的效果，而其产生的一种特殊的亚哈普波可以抵消普通反应炉的亚哈普波使其失效，就此特性技术人员将已经推出历史舞台的光束武器再次拿了出来。
新的光束武器是基于超亚哈普波为基础，可以有效的对纳米涂层装甲造成严重破坏，而且光束武器的出力也将得到显著提升，而为了是巴巴托斯更加强韧，技术人员就将又研发了型固态物质骨架，新版骨架比起旧版骨架材料更轻但强度更大，几乎是钢钉材质的三倍，同时该材料也具有很强的延展性，并且会吸收反应炉释放的亚哈普粒子，并与其产生反应使其原子结构发生改变，使其强度再次增大，并且多余的粒子会在其表面产生延迟性碎裂，在其上边形成一层特殊的封装立场，所以，该骨架的表面会及其光滑。
除此之外，巴巴托斯还加装了最新的纳米反应装甲，其也和新固态物质骨架一样吸收亚哈普粒子，并让其至于表面，通过特殊结构束缚住粒子，使其不能逃出反应炉的引力范围，并使其在表面崩溃，与新固态骨架形成传导通道，将粒子不断的输送到表现，并形成二次加强的防护力场，且也具备极高的强度。
而为了使得巴巴托斯的机动性更强，研究人员还特地加，装了最新研发出来的真空瓦尔塞克斯电场涡环推进系统，直接由反应炉供能所以不会出现燃料不足的情况
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