过的功罪一体，认为不应该逮捕王化贞，而只将熊廷弼革职，应该将两人都下狱问罪。
这次朱由校已经下定决心，不再受这些大臣的蛊惑了。不过既然自己说过功罪一体，那就让你们搞吧，他下旨由三法司确审广宁一案，熊廷弼和王化贞于三法司听问。并召来魏忠贤，吩咐他，熊廷弼和王化贞一案，东厂要全程监视，任何消息都不可放过，每天都要报告。
现在首要的问题是要找一个人去收拾辽东的乱摊子，兵部尚书张鹤鸣生怕皇帝找他的麻烦，自请去辽东，皇帝准了。孙承宗已经是礼部右侍郎了，刘一燝在三月受人攻击于是请辞，朱由校一直不喜欢他，自然就准了，这样内阁就只有三个人了，多名大臣上书建议内阁应该要加人了，在皇帝同意后，大臣们进行了会推，孙承宗的名字排在第一，徐光启的名字排在第五。朱由校问过方从哲，方从哲说按规矩应该从前面开始选，也就是说如果要选徐光启，就应该把前面四个都选上才行。于是皇帝只好下旨：升孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士入阁办事。张鹤鸣加封太子太保，并赐给了尚方宝剑，经略辽东。
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