作训司、内务司、事务司、情报司与锦衣卫同名部门职责一样;
特务司:主要负责要员安保,包括皇室安全保护;后皇室安保和锦衣卫同部门一样转交给新成立的殿前直军;
赞画处:类似秘书、参谋机构,将情报处资料做成行动计划,协助东厂厂公做出决策。
教务处:负责宗教、土司及帮会组织事物。
北方局:负责黄河以北各省,包括:直隶(现河北、北京、天津等地)、山西、河南、山东及辽东等地。
西北局:负责潼关以西各省,包括:陕西(现陕西、甘肃、宁夏等地)、四川、乌思藏宣慰司(现西藏)、朵甘思宣慰司(现青海)等地。
南方局:负责长江中下游各省,包括:湖广(现湖南、湖北等地)、南直隶(现江苏、安徽等地)、浙江、福建、江西等省。
西南局:负责西南各省,包括:贵州、云南、广东、广西等地。
以上古神兽“貔貅”为守护神;貔貅昂首怒目,蓝白波纹半环绕为徽章,寓意东厂巡视大明,驱除妖魔鬼怪、瘟疫疾病,守护大明安宁;服装以褐色为制服颜色,配红色貔貅,蓝白波纹装饰,人称“褐衫军”。
经费主要是同样用自持用作掩护的物业及大内拨款支撑,财务需接受银作监拨款,及银作监改造成大明皇家银行负责;后世君主立宪后,改由内阁组成的专门委员会拨款,资金自然是国家财政出。
东厂指挥结构:提督一人、督理两人、协理两人、掌班十一人,下面再是领班、司房等,官职没怎么变化;督理以下官员数目随机构变化而增减,提督直管特务司、两处及负责整个东厂全面事物,督理管其它常设四司;协理分管四局;掌班负责五司二处四局。
东厂总部设在北京东华门外旧址,其他各省份都有分站,有些省份有几个分站;机构随大明领土扩展几次整合,成为维护大明内部稳定、惩治犯罪的情报机构,令国内腐败及叛乱分子闻风丧胆。
锦衣卫、东厂,加上后来的组建的军事情报局及情报监管机构殿前直军成为大明帝国四个相互独立、合作及相互监管的主要情报机构。
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