士荣、焚毁叛贼名册的事情广为宣传。参加叛乱的“蕲黄四十八寨”人员，听说盟主被擒，名册被烧，又是恐惧又是侥幸，纷纷解散回家。叛军的数万人马，又一次被轻易瓦解了。
十一月九日，官军乡勇进攻白水畈。一场战斗下来，周铁爪、鲍世荣、李公茂等人战败，仓皇逃命。十一月十一日，孙将军、万野予、假周铁爪等人在麻城县石壁起兵，李公茂等人率残兵与孙将军联合一处，叛军的势力一时间又扩大起来。于成龙的大军驻在白水畈，因山路阻隔，无法赶到石壁。麻城知县屈振奇向分巡道徐惺请示，调来党、伊两位参将，率正规军赶到石壁平叛。
十一月十三日，官军和乡勇攻入石壁，大战一场，擒获孙将军、万野予，李公茂等人乘乱逃走，这股叛军基本上也被瓦解。官军乡勇继续搜捕，几天后先后擒获了李公茂、周铁爪、鲍世荣、陈顿彻、鲍自性、王子之等叛乱首领。李公茂被俘后撞石自杀，伤重而死，其余首领被押送到了武昌，不久全被斩首。
十一月十九日，搜捕小股残匪的行动仍在进行，但东山叛乱大局已定，于成龙下令班师回黄州。他当时驻扎在麻城县黄市村，在村口郑重立了一块纪功石碑，上边刻着：“龟山以平，龙潭以清。既耕既织，东方永宁。”后世史家评价这场平叛战争：自出军至是仅二十四日，以乡民数千破砦党数万，不费公家粒粟，不烦师旅，徒手奋身、摧锋陷坚而奏肤功，近世所希也！
战争结束后，于成龙迅速解散了各部乡勇，给他们发放了赏银，同时又严厉禁止这些乡勇敲诈、抢劫、霸占叛乱人员及其家属的财产。在于成龙的感召下，隐藏在深山老林中的叛乱人员陆陆续续下山投诚，回归田园。
康熙十四年正月，叛军首领黄翠林带领一百多人下山乞降，得到了于成龙的宽恕和妥善安置。
河南省罗山县的叛军，听说湖广黄州的招抚政策执行得好，就越境而来，向于成龙投诚。于成龙既感动又为难，他首先妥善安置了投诚人员，然后向张朝珍请示解决办法，与河南巡抚做了一些沟通工作，最后把这批人平安送回了河南。
不久，安徽六安一带的叛军听说了河南的事情，也有不少人来黄州投奔于成龙。于成龙不仅如法安置了他们，还越俎代庖地写了一封《招安谕》，让这批人拿回安徽，招抚解散其他叛乱人员。所谓“一纸胜千军”，于成龙的越境招抚工作也取得了成效，瓦解了邻省的叛乱。
于成龙作为湖广黄州知府，能够解决河南和安徽境内的叛乱，听起来似乎不可思议。但是，黄州与河南、安徽等省相邻，黄州境内的传统反抗势力号称“蕲黄四十八寨”，如果加上河南、安徽境内类似的山寨，又有“七十二寨”之说。他们叛乱或者起义，往往都是联合起来的，越境造反原本就是平常事，此时越境受抚，也就不算奇怪了。另外，于成龙是讲“天理良心”的，名声在外，诚实无欺，不会为了自己的政绩和官运而滥杀无辜，这也是外省叛军敢于越境受抚的一个最重要的原因。
什子寨也叫石头寨。山势陡峭，地形奇险，山上山下只有东西两条小道,逼仄的石径只容得下一个人落脚；因而这寨也名副其实，像石头一样牢固，只要粮草充足，可以说是一夫当关,万夫莫开。当初于成龙调集清军和乡勇进剿东山，鲍世荣兵败后爬上了什子寨，于成龙察看形势，估计鲍世荣仓促上山，人员众多，一定粮草不足，只须把山围住，便可来个守株待兔，等着鲍世荣水枯粮绝，自投罗网。
山寨中缺粮缺水，眼看山寨即将不攻自破，士气低落，鲍世荣心生一计，将剩下的一点大米全部喂给一头肥猪，然后趁围寨清军不备时将猪推出寨外，让清军误认为此猪不小心跑出山寨。清兵把猪屠杀后剖开一看，发现满肚子大米饭，上报于成龙说山寨粮草仍很充足，连猪吃的也是大米，恐怕一时难以破寨，倒是围寨清军粮草将尽，要求暂时撤退后再另谋攻寨时机。于是，于成龙下令围寨清军，暂退三十里，待援兵粮草补充后再围剿山寨。
当围寨清军撤退到余家河出口的塔儿河处，于成龙回头一望，只见寨东一对白鹅飞来余家河的河里喝水，推测寨内已缺粮缺水，识破了鲍世荣的计谋。见破寨时机已到，于成龙立即下令调转清军，全力攻寨。这时，石头寨内毫无防备，又饥又渴的义军正在为清军已撤退而大松一口气，纷纷下山找吃的喝的，遇上清军反扑，一片溃乱，或死或降。鲍世荣带领少数官兵弃寨而逃，后被活捉送往武昌斩首。
深层次地看这两个颇有传奇色彩的民间故事，中间实际上隐含着不同的民俗心理。第一个故事寄寓了东山人对鲍世荣终不能举大事、成大器的遗憾和失望，甚至有对他当时举事当否的观望与怀疑。第二个故事则表现了鲍世荣和于成龙两人的机智，而于成龙终究胜出一筹。十九日，于成龙在黄市新桥路口的一块大石上勒石纪功：“龟山以平，龙潭以清。既耕既织，东方永宁。黄州太守于成龙康熙甲寅年”。
史家对于成龙第二次平定东山之乱评云：“是役也，