出生
漩涡鸣人是四代火影波风水门和第二代九尾人柱力漩涡玖辛奈的儿子。
玖辛奈预产时，因为女性人柱力在怀孕期间封印会减弱，于是三代火影将产房布置在村外，并由严密的结界和众多暗部保护，同时水门也陪护再侧，确保封印不被解开。
玖辛奈有惊无险地生下鸣人，水门为此高兴地流泪，但一个自称为“宇智波斑”神秘“面具男”突然现身，用卑鄙的手段强迫水门带着救下来的鸣人用飞雷神离开玖辛奈身边，而玖辛奈的封印尚未修复。
“斑”用写轮眼控制九尾冲破封印并将尾兽抽出，随即操纵九尾攻击玖辛奈，玖辛奈被水门救下。
水门将极度虚弱的玖辛奈带回家安顿好，便急赴木叶与“斑”交战并击退了他。
玖辛奈用查克拉锁链勉强将九尾捆住并制造出结界，但却因身体已经达到极限而吐血，并准备用仅存的查克拉跟九尾同归于尽。
最终水门做出了自己的选择：牺牲自己的生命，由自己来封印九尾，并将九尾阳查克拉以及自己和玖辛奈最后的查克拉一并封印在鸣人身上，让夫妻俩都能够在鸣人体内伴着鸣人成长，并设定封印程序使他们能在最关键最危急的两个关头给予鸣人帮助。
玖辛奈强烈反对水门的做法，认为其不应该就这样牺牲自己并且还让鸣人从小就背负如此沉重的负担，而是应当活下去抚养和教导鸣人成长。
水门阐述自己的想法，说服了玖辛奈。九尾发觉水门的企图，趁玖辛奈虚弱之际要杀死鸣人，但被水门夫妇拼死挡下。
玖辛奈在临终之际含泪对鸣人诉说爱意。
而这第一次对孩子的爱的叮咛，对初为父母的他们而言却也成为了唯一一次。
最后九尾被封印，水门夫妇牺牲，去世前玖辛奈将鸣人托付给了三代火影。
幼年时期
尽管水门夫妇临终前留下遗言，希望木叶村民把鸣人视为村子的英雄，但出于保密，除三代和少部分了解内情的村民外，鸣人的身世并未对外公布，连鸣人本人也不知道。
村子里的大部分人都将鸣人视为九尾的化身，纷纷对他冷眼相待，也因此鸣人一直在孤寂中成长。
然而他一直想要得到别人认同，因此他经常在村内大搞恶作剧，吸引注意。
他的恶作剧甚至严重到在木叶的火影岩上涂鸦。
晋升下忍
鸣人在忍者学校第三次毕业考试失败。
监考水木以让他通过测试为交换，让他偷窃禁术卷轴，但阴谋被同僚伊鲁卡看破，拼死前去解救鸣人。
鸣人学会禁术卷轴中的多重影分身击败水木。
伊鲁卡老师准他以此通过考试毕业，鸣人与同届8名毕业生正式成为下忍，鸣人、佐助、樱三人获分派上忍卡卡西为带队老师，归属第七班。
卡卡西给三人进行铃铛演习，鸣人他们各自为战，最终惨败。
后佐助悟出老师要他们有团结精神，打破卡卡西的规则喂鸣人吃饭，终于通过了生存测试。
波之国任务
三人正式成为下忍后，一向从事的都是D级的任务，如找宠物、清洁河道等，鸣人本身亦有怨言。
终于他们获派护送要人的C级任务，其内容就是要安全护送桥梁建筑师达兹纳先生返波之国。
在卡卡西带领下，他们陪同达兹纳出发。
然而途中却遇上来自雾隐的两名中忍，鸣人因从未有实战经验，心有恐惧；
相反佐助及樱表现镇定，佐助更以敏捷身手把两名中忍制服。
之后他们遇上更强的敌人——叛忍桃地再不斩。
当卡卡西被再不斩以水牢术所困时，鸣人与佐助配合使用佯攻战术吸引再不斩的注意力，解开了对卡卡西的束缚。
卡卡西击败再不斩后，便指导鸣人、佐助和樱如何控制查克拉。
鸣人和佐助互相竞争，最后均能达到树顶。
鸣人们寄宿在波之国伊那里一家中；同时他亦认识了一名神秘少年白。
不久，假死的再不斩再度出现，向第七班复仇。
而白同时出现，拥有血继限界的他跟佐助交手。
白使出秘术·魔镜冰晶，把佐助困在其中。此时，鸣人打败卡多派来绑架伊那利一家的两名手下后，匆忙赶到的他却鲁莽地冲进了白的陷阱。
佐助唯有利用刚开启的写轮眼应付白的行动，同时掩护重伤的鸣人。
白利用这一弱点，攻击鸣人使佐助露出破绽。
佐助明知是计，却用自己的身体掩护鸣人，身受重伤倒下。
鸣人误认为佐助被杀，愤怒之下使出九尾的力量击败白。
白的面具脱落，鸣人才知道他原来是
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