济政策，使得维也纳恢复了生机，他在1365年建立了维也纳大学，并下令建造维也纳的斯蒂芬大教堂，他为维也纳作出了很大的贡献，也因此被誉为“维也纳的建造者”，但是此后他参与了对哈布斯堡继承权的争夺，这使得维也纳不断发生骚乱，经济呈现衰退。
1438年奥地利公爵阿尔布雷希特二世（1404年至1439年奥地利公爵，1438年至1439年德意志国王）被选为德意志国王后，维也纳再次成为首都，但是他在任期间发生了1421年至1422年对维也纳犹太人的第一次大规模驱逐和迫害。
软弱的腓特烈三世（1440年至1493年德意志国王，1452年至1493年神圣罗马帝国皇帝，1457年至1493年奥地利大公）在与匈牙利国王匈雅提·马加什的战争中，失去了包括维也纳的几乎全部奥地利领地。1556年匈牙利和波希米亚并入哈布斯堡后，维也纳最终成为神圣罗马帝国的首都。
两次维也纳之围和巴洛克的辉煌时代
1529年奥斯曼帝国第一次围攻维也纳，奥地利人依靠中世纪时期遗留下的城墙，艰难地抵御了土耳其人的进攻，在流行病突发和冬季提前到来的情况下，土耳其人被迫撤军。土耳其人的围城暴露出了维也纳城防御的薄弱，因此从1548年起维也纳决定改造成一座由11栋堡垒和1条壕沟构成的要塞。这个决定后来被证明是明智的，1683年土耳其人第二次围攻维也纳，改造后的要塞保卫了维也纳长达两个月，直到波兰国王扬·索别斯基出兵相援，解除了第二次维也纳之围，也导致奥斯曼帝国开始了衰落。
经历了土耳其人的两次围攻之后，维也纳开始了辉煌的建设时代，在重建的过程中继续展现巴洛克艺术风格，贵族们纷纷在城墙内建造花|园和宫殿，其中最为著名的是王子欧根的贝尔佛第宫。
在经历了1679年和1713年的两次大虫害传染病导致的人口大衰减以后，维也纳的人口持续增加，1724年达到15万，1790年突破20万，在这个时代，维也纳建立了第一批工厂，铺设了城市下水道和街道清洁系统，改善了城市的卫生条件。维也纳也是最早一批引入住宅标号制度和国家邮政系统的城市。在约瑟夫二世（1780年至1790年奥地利大公，1765年至1790年神圣罗马帝国皇帝）在1783年对城市管理进行了改革，他引入了城市公务员制度，还将内城的墓地迁出城市。
随着城市的迅速发展，维也纳很快成了欧洲最重要的文化中心之一，海顿、萨列里、莫扎特、贝多芬和舒伯特将维也纳古典主义推向顶峰。
两奥帝国
在法国大革命战争中，维也纳先后两次被拿破仑的军队占领。
第一次发生在1805年11月13日，法国军队未受到抵抗，不费吹灰之力地进了维也纳，维也纳的市民们甚至好奇地欢迎了他们。弗朗茨二世在此前的1804年戴上奥地利皇冠，以回应拿破仑的称帝，成为奥地利的第一位皇帝，开始了奥地利帝国的历史。而拿破仑在1806年解散了神圣罗马帝国，弗朗茨二世不得不摘下神圣罗马帝国的皇冠，成为神圣罗马帝国的末代皇帝（1792年至1806年在位）。
1809年拿破仑第二次占领维也纳，但是这次他遭到了顽强的抵抗，攻占维也纳后不久便在阿斯佩恩战役中尝到首次大败的滋味。拿破仑最终战败后，1814年9月18日至1815年6月9日在维也纳会议召开，这是一次由奥地利外交家克莱门斯·梅特涅发起的欧洲列强的外交会议，旨在为拿破仑战败后重新调整欧洲政治地图。
1848年法国二月革命也对维也纳产生了影响，3月13日首先爆发了德国三月革命，迫使总理克莱门斯·梅特涅下台，然后又在10月6日发生维也纳十月起义，最终被皇帝的军队镇压。
1873年维也纳世界博览会
维也纳在1850年开始扩建，再次呈现辉煌，
在奥匈帝国建立的1867年，“圆舞曲之王”小约翰·施特劳斯创作了奥地利最出名的圆舞曲《蓝色多瑙河》。这段辉煌在1873年维也纳的第5届世界博览会达到顶峰，博览会展现了空前的建筑设计。虽然奥匈帝国进入了它的尾声，但是这段时期维也纳也再次攀上以维也纳现代主义为代表的文化巅|峰，城市建筑上发起新艺术运动，绘画突出古斯塔夫·克里姆特（Gusta|vKlimt）和埃贡·席勒（EgonSchiele）的表现主义，音乐方面则有马勒和莱哈尔，勋伯格、韦伯恩和阿尔班·贝尔格的“维也纳第二乐派”，西格蒙德·弗洛伊德开创了精神分析学。
一战时期
第一次世界大战虽然没有直接波及到维也纳，但是旷日持|久的战争引起了粮食和衣物的供应危机。第一次世界大战的结束，宣告了哈布斯堡王朝6个世纪统治的终结和奥匈帝国的解体，1918年11月12日在维也纳议会前
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