经再也无法坚守了，总兵卜从善以水师来到开封城头，巡抚高名衡、推官黄澎等人保护着周王一家逃出，士民从而济者，还不及两万人。
在开封激战之时，崇祯启用被关在狱中的孙传庭为兵部侍郎兼三边总督，赴陕西组织军队赴援开封。孙传庭上任后，杀掉在马家庄之战中拥兵自重，临阵先逃的总兵官贺人龙，以其部将高杰代之，并积极整饬军队。
此时，陕西各军刚遭受了马家庄、襄城两次沉重打击。兵员大多是新招募地，战斗力有限。崇祯不顾孙传庭的具体困难，屡次催促他出关援汴，孙传庭请求缓期，崇祯不许。
孙传庭只得咬牙带着一帮新兵蛋子出潼关，向河南进发。刚进入河南。便得到消息说开封已被黄河水淹，周王等逃走，援汴已无必要，孙传庭遂率部抵达南阳休整。
李自成于开封撤军后，得知孙传庭东出，便率军西向，寻孙传庭决战。孙传庭军迎击，两军遭遇于县附近。
总兵牛成虎佯装败退。李自成自恃兵多，不虞有他，一路猛追，被诱入孙传庭的三重埋伏中，牛成虎返身回战，高杰、董学礼、左勷、郑嘉栋等四总兵或左右包抄，或分割冲杀，贼军大败。
李自成折断帅旗溃围东走，路上还坠马一次，险些被明军俘虏。明军追杀三十余里。及于县东边之冢头，斩首千余。
但李自成也是沙场老手，早年吃这样地败仗不是一两次了，所谓善败者不大败，他立刻命部下一路抛弃军用物资及珠宝银两衣物等，甚至还扔下些弱马和随军妇女。
明军多是新兵。缺乏战场经验，到处捡拾财物，搅乱了战斗队形。而贼军方面，则因罗汝才部及时赶到，力量有所恢复。
罗汝才率部绕到官军后面，反将明军包围起来，李自成则利用官军混乱之机，整顿残部。重新投入战斗，贼军人多势众的优势此时充分体现出来了。战场形势立刻改变。明军几位总兵顶不住压力，率先溃逃，其他各部也难以支撑。都纷纷撤退。孙传庭喝止不住，只得在亲卫部队的保护下突围退回陕西。
此战，明军损失副将孙枝秀、参将黑尚仁以下将校七十八人，士卒损失数千人。总兵萧慎鼎因临阵脱逃被斩首示众，另一位总兵左襄因为是名将左光先地儿子，只罚马两千匹。
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贼军因在序战中损失很大，所以也未能扩大战果，全歼孙传庭。李自成在此战中损失了精锐部队八千余人，自进入河南以来，他还从来没遭受过这么大的损失。
孙传庭是大明一位悲剧性的英雄人物，而这一战结束之后，还远不是他悲剧的结局…
李自成击败孙传庭后，随即回师扫荡驻军汝宁的保定总督杨文岳，以期彻底消灭河南地明军大部势力。李自成率罗汝才及革左五营等部，合围汝宁，杨文岳在城外野战不利，退入城中固守，随即城陷被俘。
明末这些总督们，在能力上各有长短，但在气节上，都能够做到忠于所事，宁死不屈，这还是很难能可贵的。杨文岳也不例外。他拒绝了李自成的劝降，并破口大骂，李军将他绑在城南三里铺，以大炮轰击，洞胸骨而死！
彻底消灭河南地明军后，李自成南下寻襄阳地左良玉决战，左良玉回避决战，向东逃走，逃到九江才在李邦华和侯方域的劝说下止步，勉强组织了一道防线。
李自成没追上左良玉，便顺手攻克了嘉靖皇帝的龙兴之地承天府。嘉靖皇帝原本是藩王，因其堂兄武宗正德皇帝死后无子，遂以藩王身份入继大统，所以嘉靖父亲的陵墓在承天府，而不是在昌平天寿山下。
而直到崇祯以来的明朝皇帝，都出自于嘉靖一支，故承天明显陵，实际也就是崇祯的祖陵。汪乔年为三边总督时，曾授意米脂县令边大绶毁掉了李自成父祖的坟茔，所以李自成攻克承天府后，也就如法炮制，也掘毁了显陵作为报复…
在李自成步步紧逼，连连取胜的时候，取得了松锦之战胜利的满清，再次入寇山东，屡遭战火地山东大地，再一次遭到了蹂躏…
此刻明军主力皆在与李自成、张献忠等人的激烈战斗之中，哪里还有多余的兵力去援救山东？因此只能眼睁睁地看着，眼睁睁地看着那些满清的八旗士兵在山东大地上往来奔跑，眼睁睁地看着山东的百姓被屠杀…
当满清铁骑开进到离济南不到二十里的时候，前面探路地快马忽然回报，济南城上遍插战旗，大书“忠勇武英王”金字。
带队的济尔哈朗一听是朱由斌的队伍，犹豫不决，带百余骑亲临城下，才到济南，但见城楼上一员大将全身披挂，威风凛凛，身后大旗上书：
“济南总兵李”！
那将眼见济尔哈朗到来，拔刀指着城下厉声道：
“江南军大将李天齐在此，有敢攻击济南者，死！有敢伤我济南军民者，死