小智他们在椪柑岛告别了正美和阿功后，又在平柑岛见识到了粉红色的小精灵。也让他们感悟到了‘一方水土养一方人，也能养一方小精灵’。
这一天，因为一艘船开得太快而差点撞到小智他们。所以小智他们就跟着那艘船来到了一座无人岛。
在小智他们登岛后，知道了那些人是电视台记者来进行追查报道化石盔。
小智他们知道化石盔已经早已绝迹，就连小智在大傻谷收服的化石盔小智也让大木博士好好保管着。
于是小智他们就跟着那些记者来到了挖掘队的营地。
在小智他们到达后，就看见记者对着一块化石进行报道：“大家看到了，这就是造成这次话题的‘化石盔的化石’。这是几天前，一名渔夫捕鱼时捕获的，根据专家鉴定，这是货真价实的化石盔化石。经过多方鉴定，最终得知他是从这座小岛漂流出去的。”
然后小智他们看见挖掘队的队长是一位护士小姐。
记者这时对着护士小姐问道：“请问队长，这次挖掘化石盔的目的是什么呢？”
而护士小姐说道：“调查化石盔这种绝种的小精灵的生态，并且解开与化石盔的精髓的秘密。”
“有关于化石盔精髓的秘密？”记者再次问道。
“是的。记得很久以前就有传说，化石盔的精髓能够研制‘长生不老药’的说法一直流传在各地。”护士小姐说道。
小智他们听到后除小智小丽小蓝外都大吃一惊。因为小智三人都知道‘长生不老药’根本不存在，那是人们的幻想。
“长生不老药？”记者疑惑的说道。
“是的，我们希望能够找到大量的化石盔化石，只要解开这个谜题，对于促进医学进步一定很有帮助。”护士小姐说道。
“原来如此。”
而此时小智上前对着护士小姐说道：“护士小姐，我劝你最好放弃这种想法。”
护士小姐看到小智后问道：“小弟弟，你是谁啊？”
“我……”
小智还没说完就被小霞她们拖走了，并且小霞对着护士小姐说道：“对不起，打扰你们工作了。”
被拖向远处的小智对小霞说道：“小霞，你干嘛啊？我正要阻止她们呢……”
“小智，我知道你想做什么。但是我们阻止了这次，那下一次呢？不让她们知道后果，她们是不会轻易罢手的。”小霞说道。
小智听到后说道：“哇！小霞，你这么厉害啊？懂的好多……”
“这是竹兰姐她们告诉我的。好了，我们只需要跟着她们就可以了。”
在小霞说完后，小智一行人就跟在挖掘队的后面。
在挖掘队前进的过程中，有不少灾难袭向她们。小智没办法，之后出手相救。总不能见死不救吧，而后小智他们也加入了挖掘队。
在到达目的地的时候，有漫山遍野的岩石攻击他们。小智知道是岛上的守护者做的，于是就放出利欧路寻找那位守护者。
在找到守护者的时候，小智发现他是一位老爷爷。
于是老爷爷警告挖掘队不要再破坏小岛了，否则会有大灾难来临。
然后记者问道：“什么大灾难啊？现在我们不是还好好的吗？再说老爷爷破坏的比我们更严重。”
这让老爷爷无言以对。而挖掘队继续进行挖掘工作。
在此期间小智等人知道了老爷爷名叫田所，住在隔壁小岛上。
在挖掘的时候因为意外，而导致了大爆炸。从而有许多的化石盔化石掉落下来，这让护士小姐很高兴。
可是此时外面月亮是红色的，化石盔的化石经红色的月光照耀而苏醒了过来。
漫山遍野的化石盔在红色的月光下慢慢苏醒过来。而小岛也因此开始下沉。
此时田所老人说道：“当大灾难来临的时候，人类可以到后面的树林制作木筏逃出去。”
于是小智等人在做好木筏后，小智、小霞、科拿都放出自己的水系小精灵来拉动木筏。
小智等人在逃出小岛的那一刻，小岛完全沉没。而海面上都是黑压压的一片，那是化石盔在开始寻找下一个栖息地。
小智看着大片大片的化石盔说道:“小岛一旦被破坏，红色的月亮照耀的时候。海上会被黑暗所笼罩。然后灾难就来了……”
“跟传说一模一样……”小霞说道。
“那些身为化石的化石盔经过红色的月光照耀就苏醒过来了……”对历史感兴趣的竹兰说道。
“我想那一定跟长生不老药有关……”
在护士小姐还没说完的时候，小智对着护士小姐说道：“护士小姐，由我来说你可能不信。但是我必须要告诉你说，长生不老药并不存在。当然，这世界有我们太多不知道的事情了……”
于是护士小姐就向田所老人说道：“对不起，田
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