小智他们在告别了大木博士后就乘坐游轮前往内木博士所在的橘子群岛的岱柑岛。
当然，游轮是免费的。那是因为小智买东西买的太多而进行抽奖，小智一下子就抽中了豪华游轮券，这让小霞她们很吃惊。没办法，小智在这方面一向运气好的惊人。
再说现在跟着小智的女孩子有很多——小霞、竹兰、小丽、圣代、娜姿、小蓝、红月、还有科拿，算上小智加起来一共九人。光食物费就不是一笔小数目，还有小精灵的药品和女孩子们的一些用品。幸亏小智是大富豪，要不然就饿肚皮吧。
在海上航行了一天后，当天下午就来到了岱柑岛。
于是小智他们在问了护士小姐后就前往内木博士的研究所。
到达了研究所后，内木博士也刚好做完研究。然后就带着小智他们去那个所谓的神秘物品，可是小智看到后说道：“这不是精灵球吗？”
“是的，这是我在别的地区考研的时候偶然发现的。因为上面的字母很像‘GS’，所以就取名为‘GS球’。可是无论如何也打不开，电击、钻头、斧砍……都不行，也不能进行传送。我想如果是小精灵的大学者——大木博士的话，应该有办法解决。”内木博士说道。
接着小智他们就打通了大木博士的电话，大木博士称赞了内木博士上个月在《小精灵研究月刊》中发表的宝可梦之地域差异与适应性的中间报告写的十分精彩，而内木博士也夸奖大木博士写的宝可梦与人探讨系列也很不错。通完电话后，内木博士带大家到后院参观，并跟小智等人介绍因为这边离城市很远气候环境不同，所以宝可梦也有一些差异，她就是在饲养这些宝可梦时，记录它们的资料。
吃过晚饭后，深夜时刻内木博士为了保护拉达不受霸王花的麻痹粉侵害，，而自己也中了麻痹粉。护士小姐批评了内木博士，但是也多亏了内木博士，拉达很快就脱险了。第二天，内木博士和大家告别。
接着小智他们就继续乘坐游轮来到了澎柑岛，因为游轮的终点站就是澎柑岛。
小智他们在登上岛屿后就受到了热烈欢迎，后来在听到广播后才知道澎柑岛正在举行野生小精灵主题公园。
在经历一番寒暄后小智他们就前往小精灵中心准备休息一下，可是在路上他们碰到了一群不良少年正在欺负一对乘龙母子。于是小智他们就打跑了那群不良少年后就把乘龙母子送到小精灵中心进行救治。
在小精灵中心护士小姐嘱咐小智他们不要招惹那群不良少年，还告诉小智那群不良少年正准备挑战南十字星。
正当小智准备向护士小姐问南十字星是什么的时候，小霞突然说道：“所谓的南十字星就是位于橘子群岛各地道馆的道馆训练家。”
“小霞，你怎么知道的？”小智问道。
“小健给的这本导游书上有说明啊，谁让你不看来着。”小霞说道。
“我倒是想看，关键在你手里我怎么看啊……等等，你刚才说橘子群岛也有联盟？我怎么不知道？”小智说道。
“因为橘子联盟很小，不像关都、城都、芳缘……那些大型联盟，所以你不知道并不奇怪。怎么，小智？如果你想参加橘子联盟的话就得向南十字星挑战，并且打败他们。不过，我告诉你哦，南十字星的挑战可不普通。”这时科拿说道。
“你说什么啊，科拿姐。联盟比赛就在眼前，我哪能不参加呢？”小智对着南十字星的海报，眼睛闪闪发光的说道。
“那GS球的事情怎么办呢？我们还要带回去给大木博士呢。”小霞说道。
“这个嘛，小意思。”
于是小智就接通了大木博士的电话——
“……情况就是这样，我要留在这里参加橘子联盟大赛。”小智对着屏幕上的大木博士说道。
“这样啊，挑战橘子联盟啊……如果我说不行的话你也不会听，那好吧，就依你了。反正GS球的研究也不要紧。”大木博士说道。
“不愧是博士，做人就是要这样！”小智对着屏幕兴高采烈的说道。
“小智，你就在那边先进行一些修行吧。你可别忘了6个月后天王选拔赛。”大木博士说道。
“知道了，博士。”
说完后小智就挂上了电话，这时护士小姐走过来说道：“那对乘龙母子已经醒了，你们过去看看吧。”
于是小智他们就去看望乘龙了，而乘龙妈妈似乎很感激小智他们，但是依旧对小智他们有着一丝警戒心。那只小乘龙可就不一样了，非常害怕小智等人。
“我想小乘龙可能受到那群人的伤害而变得极度害怕人类了吧，那群贪得无厌的人真是可恨！”小丽生气地说道。
就在这时——
一个烟雾弹从天而降。慌忙中小智他们只保护好了乘龙妈妈，而小乘龙却被那群不良少年给劫走了。
于是小智嘱咐好小霞照顾好乘龙妈妈后就去追赶那些不良少年
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