占庭帝国统治下，这座城市在基督教势力得到了很好的保护。当时在宗教方面相对宽容，从5世纪开始，犹太人重新被允许住在耶路撒冷。
当来自半岛的游牧民族崛起之后，阿拉伯帝国的第一个征服目标就是耶路撒冷。虽然《古兰经》从未提到过耶路撒冷，但伊斯兰传统认为，先知穆罕默德是在耶路撒冷升天，接受《古兰经》的。
已经走向衰落的拜占庭帝国，没能挡住阿拉伯的铁骑弯刀，这座圣城最终沦于阿拉伯人的手。
在历史上，关于耶路撒冷的争夺，从来都没有停止过，这座城市，也成为东西方碰撞的焦点。
历史上的公元1099年，第一次十字军东征，包围了耶路撒冷，一个多月后，耶路撒冷被十字军攻占，十字军进城后，屠杀了城内大多数穆斯林和犹太人。十字军在这里建立了耶路撒冷王国，穆斯林不准入城。
但是在公元1187年，埃及穆斯林君主萨拉丁又重新占领了耶路撒冷。1219年，大马士革的苏丹下令将城墙销毁，1228年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织了第六次十字军东征，通过与埃及签定条约，得到耶路撒冷。1239年，他开始重建城墙，但不久它们又被拆毁。1243年，基督徒再次占领耶路撒冷，又重建城墙。1244年，被蒙古亡国的花剌子模在逃亡途占领耶路撒冷，教皇英诺森四世发动第七次十字军，但无法夺回耶路撒冷。1247年，花剌子模被埃及人驱逐，1260年，埃及奴隶骑兵夺取该城，耶路撒冷的犹太人不得不逃到周围的村庄避难。1482年，一个来此访问的多明我会教士说耶路撒冷是一个“几个不同的民族生活在此的城市，它是所有罪恶的集合”。作为罪恶他列举了撒拉逊人、希腊人、叙利亚人、东正教徒、景教徒、亚美尼亚人、格鲁吉亚人、玛洛尼教徒、贝督因人、刺客、回教徒和“最可憎的”犹太人。只有罗马天主教徒“在他们心盼望基督王子的到来，来将所有的国家纳入罗马教会的统治下。”
1517年，奥斯曼帝国占领耶路撒冷，他们控制该市，直到20世纪。这时，耶路撒冷重新开始繁荣，城墙和老城也被重建，城内任何宗教都可以存在，但奥斯曼帝国后来的无能统治机构使耶路撒冷的经济陷入了缓慢的衰退。
到19世纪初，耶路撒冷只有不足8000人口，但依然是一个对犹太教、基督教和伊斯兰教都很重要的城市。城市居民分四个部分：犹太人、基督徒、穆斯林和亚美尼亚人，穆斯林主要住在圣殿山附近，基督徒主要住在圣墓教堂附近，犹太人主要住在哭墙上方的山坡上，亚美尼亚人主要住在西南。
虽然这个分化并不绝对，但后来它是英国管理时期将城市分为四个区的基础。各大宗教内部又包括了许多教派，比如圣墓教堂同时归希腊东正教、罗马天主教、亚美尼亚教会、埃及教会和埃塞俄比亚教会使用，各教派之间互相冲突，以至于圣坛的钥匙要交给一个“立的”穆斯林家庭保管。
由于耶路撒冷对于犹太人、穆斯林和基督徒均具有特殊的重要意义，其地位问题直到杜睿穿越大唐的时候仍然悬而未决。
公元前前10世纪，大卫王在耶路撒冷建都，所罗门在该城建造圣殿。被毁前的耶路撒冷圣殿内的至圣所藏有约柜，是犹太教最神圣的所在，只有大祭司一人才有资格一年一次进入至圣所。此后，耶路撒冷一直是犹太民族的jīng神心，是犹太教信仰的心和最神圣的城市，民族身份的象征，犹太人无论流散到何处，全体男丁必须一年三次来到耶路撒冷，过宗教节rì，礼拜时总是面向耶路撒冷。在旧约圣经，耶路撒冷被提到过700多次。长期以来，耶路撒冷对于犹太人的向心作用，和犹太人对这座城市的迷恋程度是如此之强，以至于无法想象一个没有耶路撒冷的以sè列国。
基督教尊敬耶路撒冷，不仅是因为它在旧约扮演的角sè，也是因为它在耶稣一生的意义。根据圣经记载，耶稣在出生后不久就被带到耶路撒冷,后来他又洁净第二圣殿。耶稣最后晚餐的地址位于锡安山，紧靠大卫墓。耶路撒冷另一个重要的基督教遗迹是各各他，就是耶稣被钉十字架的地方。《圣经》称，耶稣去耶路撒冷仅仅是遵照上帝的旨意，为救赎世人之罪而死。但他死后复活，40天后升入天堂，重又回到了上帝的身旁。耶路撒冷是耶稣一生在最关键的时刻度过的地方。
对基督教来说，耶稣是上帝的儿子，是上帝赐予人类的救世主。耶稣被钉死的受难地，最后一次晚餐餐室、罗马皇帝君士坦丁一世之母海伦娜太后于公元335年巡游耶城时在耶稣墓地上建造的圣墓教堂等等，均是世界基督教徒心目的圣地。
自从7世纪起到1917年，伊斯兰教的阿拉伯帝国和奥斯曼帝国先后主宰耶路撒冷长达1000多年。作为穆罕默德夜行登霄的地点，相传伊斯兰教创始人穆罕默德52岁时，在一个夜晚被天使从梦唤醒，骑上一匹银灰sè人头牝马，追随天使从麦加
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