个天空布满了乌云，以切断机械人的能源。
谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。
尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出，与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主。
就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，莫菲斯被捕，尼奥救出了莫菲斯。
但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，并复活了，真正的成为了救世主，并把在矩阵无所不能的特工杀死了。
从此，人类与机械的战争进入了一个新的时代，也为续集做好铺垫。
“终于完成了。”敲下最后一个字符，李书枫终于笑了起来，经过近两周的时间，《黑客帝国》第一部的剧本终于完成了。
做为一个重生人士，李书枫十分清楚这部影片的价值，它不但有高票房，还被拍成很多动画短片，又被制作成很多游戏，产生的价值难以估量。
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