潜艇部队在作战方面由其兵种指挥官指挥。但涉及到多兵种协同作战计划的问题，则由刘令飞和有关的太平洋舰队各分舰队司令本这着协商一致的原则加以解决。有些人的意见是，应把潜艇部队部署在盟军舰队驶往海上战场所要通过的海域，尤其是海峡附近，而不应把潜艇巡逻线设置在大洋上。
这时，可使用潜艇执行以下几种任务：
1：集中使用潜艇切断敌人通往目标区域的补给线；
2：进行照相侦察，查明预定登陆地域以及与未来作战有关的敌军事设施；
3：空袭时，遂行救生任务；
4：在目标区域或敌基地附近，遂行侦察任务，以查明敌人的动向，并对企图反击之敌进行阻击；
5：拦击企图逃离目标区域的敌舰船。
中华潜艇战绩卓著，而盟军潜艇则相形见绌，对此似有必要略加分析。盟军的各型潜艇普遍吨位小，较陈旧，显然比中华的周级潜艇差得多。但是，日本新造的伊型潜艇则完全可以与中华国的大型潜艇媲中华。
中华加入战争时，中华太平洋和远东地区的潜艇在数量上与盟军的大致相同。然而，中华国的潜艇大部分是周级的，而盟军潜艇则多是旧型号的。
此外，中华的鱼雷比盟军的更为可靠，速度快，射程远，雷头威力大。当然，盟军潜艇某些技术上的缺陷也在一定程度上影响了潜艇的战斗力。直到战争后期。盟军潜艇还没有装备雷达，水声探测装置远比德国潜艇的落后，在对付水声探测方面还没有什么有效办法。
然而，盟军在潜艇作战方面的失误，主要是日本统帅部对潜艇的战略使用不当所造成的。日本海军从未把其强大的潜艇部队用于破坏盟国的商船运输。显然，日本的战略决策人物对后勤保障在现代战争中的重要作用根本未予重视。
紧靠美国一家的潜艇在对航道进行破坏，可在中华先进的反潜驱逐舰和反潜直升机的配合下，美国方面的潜艇，基本上也很难取得很大的成就，也无法改变战争的态势。
德国曾经强调指出。潜艇是袭击运输舰船的最有效的武器。在德日还未决裂的时候，并再三敦促日本使用潜艇袭击美国的护航运输队。日本对此置之不理，仍然一味使用潜艇袭击对方的军舰。
而中华国潜艇则对盟军的货舱不断进行袭击，使盟军的战争潜力濒于枯竭。在这种情况下。日本对中华国舰队赖以生存又最易受损的油船和货船却不屑一顾。依然派其潜艇去袭击戒备森严的舰队。
中华军队开始实施越岛作战以后。日军陷于绝望状态，甚至放弃了以潜艇袭击战斗舰只的企图。可是，此后盟军潜艇的使用更不适宜。为了对被围困的守岛部队进行补给。盟军统帅部根据陆军的要求把潜艇当做补给船来使用。
一些性能很好的潜艇，逐渐被用来担负这种很不适当的任务。当时，中华部队的战斗活动越来越远离本国基地，而更加接近日军基地。尽管如此，日军潜艇的战斗力不但没有提高，反而每况愈下。第二次世界大战中盟军虽然使用了潜艇，可是并不真正了解这种主要兵器的潜在威力，这在古今战史上也是罕见的。
当日军潜艇每况愈下时，中华国潜艇连连击沉许多盟军舰艇。然而，最引人注目的战果还是中华国潜艇对盟军赖以生存的海上补给线的破坏。
对盟军来说，海上运输是一个至关重要的问题。因为日军控制的原料产地没有工业，而在工业地区又缺乏资源。日军必须把原料运回本国进行加工，然后再把成品送给海外各地的部队以供战争消耗。
在这种情况下，日军的海上运输主要有两条航线。一条是从美国经由日本海，把铁和煤运往日本本土。另一条更重要的航线是从南洋资源地区，经由太平洋（以前是南海，台湾和琉球），把物资运回日军本土。
只要盟军船只能在这两条主要航线上畅行无阻，往返货运就会顺利进行。但在南洋资源地区的作战行动告一段落后，南洋资源补给量迅速减少，南下的日军船只多是装货不足或者空船运行。
而在当初日军把战场扩大到南太平洋以后，就需要有许多船只把物资从盟军本土直接运到南太平洋地区。这时，主要航线也有两条：一条从大阪到马朱罗。另一条从东京、横滨经小笠原群岛、塞班岛、特鲁克岛至腊包尔，后来又延伸到所罗门群岛。
然而，在南太平洋地区卸载的船只无货可装，只能空船返回日本。日本当局从未用过三角形的航线，即载货的船只从南洋资源地区驶往日本，卸下货物，然后装上军需物资开往南太平洋，卸载后不直接返回日本，而是空船驶往南洋资源地区。
若用这条航线，每艘运输船的空船航程只占其整个航程的三分之一。日军当时实际采用的航线，使每艘运输船的空船航程或仅载有少量货物的航
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