凌晨三点半，果敢号再次率先打响了第一炮。随即，东海号也加入了战斗。
两艘主力舰的炮击频率并不高，基本上是每五分钟一次。这次没有第五大队的侦察兵在前面观察弹着点，雷达也无法确认有没有摧毁目标，所以两艘主力舰只能让了望员拿着望远镜观察炮击效果。
四点刚过，第11舰队的五艘战列舰也投入了战斗。
相对于激烈的海战，对岸炮击不但慢得多，而且很有规律，如同准时的钟表一样。虽然设在羽田与浦安的日军岸防炮兵也进行了反击，可是几艘主力舰距离海岸线都过了十五公里，而房总半岛这边的日军岸防炮兵部队全都转移到了东面战场上去。另外，日军根本没有想到帝国海军舰队这么快就杀入了东京湾，因此根本没有在东京湾两岸设置重型岸防火炮的永备工事。
不急不慢的炮击一直持续到了六点，在果敢号与东海号朝日本内务部办公大楼打出了最后一批炮弹之后，罗清远下达了停止炮击，撤出战斗的命令。
因为先炮击东京港，然后再炮击日本内阁各部门的办公地点，而且当时又是夜间，所以这次炮击并没有炸死多少日本政府的官员，更没有威胁到躲到了内6腹地的日本相。根据战后从日本政府获得的档案，在这场炮击中，东京只有不到一千人伤亡。
其实，当时就战争中将矛头对准敌国元，或者脑是否是正当的战争行为在国际上存在很大的争议。大部分西方国家都坚持认为，战争是国家间的行为，元与脑只是旅行国家意志的代表，因此不能算是军人，也不是战争的目标。大明帝国等大部分东方国家则认为，对于挑起战争的一方来说，元与脑是推动战争的战犯，即便政治家不是军人，也应该列入战争目标。
无论如何，这场炮击的目的是达到了。
联合舰队被歼灭，东京遭到炮击，这足以让生活在东京，乃至关东平原地区的日本人感到恐慌。从现在开始，帝国海军舰队可以自由进出东京湾，随时有可能用炮弹将东京，以及附近城市的居民从睡梦中唤醒，或者将其送入天照大神的怀抱。
可以说，这场炮击是促成日本分裂的导火索。
早在战争爆前，就有很大一部分日本人认为不应该与大明帝国敌对，而应该与大明帝国合作。持这种观点的不仅仅有小泽治三郎这样的军人，还有政治家，商人，乃至平民。只是，在日本占主导地位的还是近藤信竹这类的战争狂人。
随着东京变为前线，日本已经从根本上输掉了这场战争。
对于生活在东京的居民来说，炮击之后，最好的选择就是离开东京，前往内地。到日本战败的时候，至少有一百五十万东京市民逃往相对较安全的乡村。另外，日本各大沿海城市都出现了类似的现象。
对日本来说，这绝对是致命的打击，因为日本的工厂几乎都集中在沿海城市
随着市民出逃，工厂的生产效率直线下降。最终的结果是，军火生产能力，造船能力，工业产值直线下降。随着正常的社会生产秩序被打乱，越来越多的日本人陷入了生活困境，并且激了日本人的反战情绪。
这也正是第一舰队炮击东京所要达到的效果。
可见，做出决定的肯定不是祖寿清，因为祖寿清也只是一名军人，而不是政治家，更不是具有战略眼光的政治家。
当然，白佑彬也不是政治家，他也只是一名军人。
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