经强大起来，但是受到封建正统观念的影响，没有去争夺蒙古大汗的汗位。
在东蒙古的黄金家族的封建主們纷纷去争夺蒙古大汗位时，土尔扈特部落和其它卫拉特部落支持出身黄金家族的阿里不哥去争夺大汗汗位。因为不管西蒙古封建主军事势力强大到何种程度，除了黄金家族大元后裔之外，均不可能自己成为东蒙古本土的汗。
尽管阿里不哥酗酒无度，指挥无方，刚愎自用，屡战屡败，也只得支持这位和卫拉特各部有亲缘关系的大元后裔，甚至导致卫拉特各部大撤退和向忽必烈投降也在所不惜。
蒙古汗国又一次统一了土尔扈特等部落及卫拉特各部落之后，让卫拉特斡亦剌惕的首领做被奴役部落的管理者，管辖属地的部众及领地外，还在谦河一带设置万户府，由黄金家族的子孙担任万户长。
蒙世祖至元七年（１２７０年），忽必烈得悉土尔扈特部落及卫拉特各部管理秩序较为混乱，万户府花天酒地，酗酒无度，斡亦剌惕部管理者敷衍了事，不负责任，造成尾大不掉之势。
忽必烈果断派保定府汉人刘好礼，为叶尼塞河上游吉里吉思五部断事官，管理卫拉特各部刘好礼团结土尔扈特部落和其它卫拉特部落的头领，大胆革除各类弊政，认真审查了多年余积的各种民事刑事案件，并任用土尔扈特部落的王罕之
孙阿木胡兰作为助手，协调各部落因为争夺牧场而造成的矛盾，一时八河流域秩序井然。
元成宗大德五年（１３０１年），窝阔台汗的孙子海都利用阿里不哥的残余势力，占领察合台汗国的七河流域，并联合察合台汗曾孙八剌，继续同元朝斗争。海都死后，元成宗大德七年海都长子察伯尔回到原窝阔台继位，汗帐设在叶木尔河，和元朝展开了一系列的拉锯战。
土尔扈特部落和卫拉特部分部落愤然退出了察伯尔同元朝毫无意义的内讧。元成宗大德九年，察伯尔正在额尔齐斯河流域同元朝作战的时候，背后遭到了土尔扈特部落和一些卫拉特部落以及察合台汗国其它世系皇子們的袭击而失败。
在阿里不哥残余势力和海都长子的反元斗争过程中，土尔扈特部落的人民逐渐觉醒，脱离了阿里不哥、海都子孙的分裂势力，加入了忽必烈的统一事业。1340年左右，土尔扈特部落参加了统一察合台汗国的战斗。
随着海都的失败，察合台汗国分裂为东西两部分，而西察合台汗国逐渐穆斯林化。为了区别已经穆斯林化的西察合台汗国，这就迫使蒙古王公必须拥戴一个有权威的汗,当时在察合台蒙古系列中势力最强、影响最大的是朵豁剌惕部的播鲁只。
他的属地正在西察合台汗国的中间，包括库车、阿克苏等七河流域的一部分。自朱元璋领导的起义军占据长江以南地区，人民军从东北在给元朝在腰际捅了一刀之后，元朝的统制已变得风雨飘摇，对察合台汗国的军事威慑已不存在。
这时早缓过劲的播鲁要对土尔扈特进行旧帐清算，土尔扈特上下奔走求援，结果不管是自己的旧主子还是新主子都不愿救援，现在的土尔扈特部可谓是居无定所，如过街老鼠人见人打。
听完了阿兰巴都的故事已经是三个小时之后的事，我终于明白为什么土尔扈特部要西迁得那远，原来是在中华这块土地上根本没有容身之所所致。阿兰巴都的来意就是希望可以让我們收容土尔扈特部，让土尔扈特几十万老老小小能有根所依。
土尔扈特部不乏勇士，也不比任何一支蒙古部族缺少英雄，只可惜领导者一直左右摇摆，一会投诚一会反叛，试问又有那股势力敢去收容他們。我对阿兰巴都说道：“妳的意思我已经明白，至于中华帝国能不能收容贵部，不是我一个人能决定的，我需要和政府其他官员进行商议，不过我可以保证的就是最低限度中华帝国也会送给妳們一些过冬的粮食和衣物，至于如何决定，到时我会通知妳！”
阿兰巴都听到我并没有马上答应，他的心里有些失望，但还是心存感激，又是一躬到地。我示意刘极可以带阿兰巴都出去休息，当阿兰巴都走到门口时，我又问了一句：“阿兰巴都，同是蒙古族，现在中华帝国正和元朝视如仇敌，为什么妳們土尔扈特还会来中华帝国求援？”
阿兰巴都转过身苦笑地摇摇头回答道：“蒙古族并不只有成吉思汗一个部族，也不是所有蒙古人都和元朝站在一边，现在的土尔扈特和察合台汗国也同属蒙古族，不也一样在和元朝恶战吗？”
阿兰巴都说得不错，看来我以前将所有蒙古族视为仇敌的作法应该改变，这正如好人当中也会有坏人，坏人堆里不见得就没好人。究竟是否接纳土尔扈特部族，我特别召开一次会议，参加的人有王大山、王启风、刘极、刘爽等帝国政府主要官员。
经过一系列的审时度势，最后又把问题踢回给我，我想想说道：“就算真正推翻元朝，蒙古族还是存在的，难道我們要把所有