英人为北洋海军顾问，以代替琅威理的请求，并召回在旅顺港服务的英国人诺加，宣布不再接纳中国海军留学生。中英之间的海军合作关系进入低潮。
就英国政府而言，派遣海军顾问，其目的是既想控制中国海军，又要抵制其他国家在华势力的扩展。英国公使威妥玛说，改组中**队之权必须只掌握在某一个国家手中。如果我们不是这个国家，就将“极其有损于我们的利益”。1881年10月，赫德在给中国海关驻伦敦办事处主任金登干的信中提到，李鸿章可能任命美国海军提督薛斐尔担任北洋海军的总司令，法国人则在推荐戈威因和努瓦康担任这一最高职，而英国领事馆和公使馆则阻挠他控制中国海军的活动。1882年春，金登干密函英国外交部官员庞斯福德和海军上将凯古柏，要求英政府支持向中国派遣海军顾问的请求。外交部请海军部同意这个要求，海军大臣答复说：“中国如有强大海军，对我们是否有利，尚有疑问。”经过争论，海军部给了琅威理三年假期。赫德对英国政府的拖拉作风很不满意。他抱怨说：为使英国控制中国海军，他已奋斗了25年。假若他是法国人或德国人，早就取得了惊人的成绩。
中法战争后，赫德更露骨地对金登干说：“法国、德国和美国都想抓到海军领导权，但我保持海军掌握在英国人手中。海军衙门的成立是向前迈出一大步，中国需要琅威理：那么好的开端！机不可失，时不再来，务必促他来华！”他不厌其烦地强调：“现在领导权是在我们手中，但是为了我们两国的利益，特别是为了我国的利益，我们应当继续将它掌握在我们手中。”
在赫德和金登干的活动下，英国政府对琅威理来华就聘开了绿灯。海军部1885年10月要求琅威理立即动身前往中国，琅威理对通知的“命令”口气感到不快，因为他妻子即将分娩。现在尚无证据证明琅威理本人直接参与了英国政府企图控制中国海军的计划。琅威理更像是一个固执地注重个人名誉和待遇，同时对于工作也极端负责的职业军人。但以上引文，集中表述了英国政府以及赫德等人企图通过琅威理，对中国海防军以及对中国政府产生更大影响的意图。从这个意义上说，撤旗事件的处理表明了中国官方的正确立场，在主权问题上决不退让。李鸿章努力保持舰队不受外籍雇员的控制，在必要时不惜采取断然措施，以回答要挟。这一事件也充分表明，外籍雇员同清政府仅仅是雇佣关系，他们没有获得更多权利。
琅威理离去的后果
但是问题并不仅仅在此。中国作为一个落后国家，在向近代化转化的艰难征途上，如何一面进行反控制的斗争，一面又努力汲取西方先进技术和管理方法，始终是一个更为重要又长期没有很好解决的课题。刘步蟾与琅威理的矛盾，除了指挥权之争外，从某种程度上也曲折反映了北洋海军内部对于严格管理的厌烦情绪。
事实上，早在1877年第一批进口炮艇来华后，北洋水师官兵已与外国雇员发生过类似冲突。李鸿章在给朋友的信中提到，聘请的外**官不愿前来，“问其何以不愿，据云仅令教练而不假以节制擢陟之权，弁兵必不听令，断难进益。即以‘龙’、‘虎’两船原募各教习，皆以求退，因兵官以下，毫不虚心受教，炮船机器久恐废坏云云”。琅威理个性强脾气躁，他的管理风格使得一些中**官难以接受。刘步蟾、林泰曾等在英国多年，深悉交际和交涉的重要，看琅威理不过是客卿，并不是上级领导。所有闽籍管驾，皆拥护刘、林，是以琅威理上书李鸿章，提出“兵船管驾，不应专用闽人”，由此引发撤旗事件。事实上，确实有理由作此怀疑。自从《北洋海军章程》颁布后，琅威理岂会不知道舰队只有一个提督，而他自己不过是一个荣誉衔的顾问？如果在1890年2月24日丁汝昌离港到3月5日间，“定远”上依然飘扬着提督旗的话，6日刘步蟾的撤旗举动显然就是故意寻衅发难了。
尤为糟糕的是，琅威理走后，北洋海军的训练和军纪日益松懈，操练尽弛。军官争挈眷陆居，军士去船以嬉。每当北洋封冻，海军例巡南洋，率淫赌于香港、上海，更显得撤旗事件像是一场悲剧的开端。赫德后来幸灾乐祸地对金登干说：“琅威理走后，中国人自己把海军搞得一团糟。琅威理在中国的时候，中国人也没有能好好利用他。”这不能不说是中国近代海军发展史上的一个惨痛教训。
作为对比，日本海军也是英国人一手训练起来的。皇家海军的英格斯上校为日本海军建设做出了很大贡献。英格斯本人回忆说，他在日本服役时，日本政府曾封赠他以贵族，使他能有足够的权力和地位，以与日本的高级将领接触。日本海军从英国人的教育中得到极大的好处。当他们认为有理由独立行走时，欧洲军官便体面地告退。而日本人“坚持走着他们在英国的指导下踏上的道路，他们不仅使舰队保持着英格斯离开时的面貌，而且更趋完善了。”
甲午战争爆发后，李鸿章开始为北洋海军重新寻找一位外籍顾问