文书（如《太平诏书》）中引用儒将典籍或有颂扬孔子的内容
例如被视为洪秀全创立拜上帝会的思想基础的最著名的“原道三篇”，
《原道救世歌》：“周文孔丘身能正，蛇降灵魂在帝旁”“孔丘服教三千，乃以正化不正”
《原道救世歌》：全文征引《礼运大同篇》阐述对理想社会的设想。
2.太平军在攻克武昌前，基本没有反孔行动，以对待孔庙的态度而言
在永安前，太平军根本无机会接近孔庙
在永安，的确有毁及文庙和关帝庙，但是，据钟文典先生的分析，这是出于驻军的需要，而不是针对孔子，因为，第一，太平军在永安仍然允许百姓设立私塾，教授四书五经。第二，太平军一向视封建衙叔监狱为“妖庙”，在宗教上对其憎恶一向超过孔庙，但这些场所都没有被捣毁，也从侧面证明太平军在永安损及孔庙见得是其出于宗教目的而反孔反儒。
此后进兵全州，兴安，均无毁孔庙的记录。
现在说到湖南，太平军在该省攻占城池较多，而且这是曾国藩老家所在。钟文典先生逐个分析了太平军在道州，永明县，江华县，桂阳县，彬州，永兴县，安仁县，茶陵州，攸县，醴陵县，长沙县，宁乡县，益阳县，岳阳县，嘉禾县的表现，
第一 除嘉禾县外，在这些地方庙宇被毁的记录中，关帝庙，龙王庙，城隍庙，财神殿等都曾经有过被毁的记录（因为太平天国斥其为邪神），但独无毁坏“文庙”“学宫“的记录。
第二 唯一有记录文庙被毁的《嘉禾县志》，同书中明确记载了毁坏者是土匪，而不是洪秀全等率领的太平军。（同段文章中被称为“西匪”）
第三 曾国藩在《讨粤匪檄》中振振有辞地说太平军入湘时焚烧彬州学宫，毁坏孔子木主，借此证明太平军反孔反儒，号召天下读书人“卫道”，但是
（1）如上所数，太平军在湖南各地所毁神庙的对象中，都不包括文庙，这应该可以显示出其对孔子和文庙的态度，何以独毁彬州之庙？
（2）《宾州直隶州乡土志》中队这段历史的记载是“适粤贼犯彬，毁于兵”，请注意，“毁于兵”，也可能是毁于兵勇，也可能是毁于战火，未必并不代表是毁于太平军，更不代表是太平军故意毁坏的。何况在清人之地方志中，太平军通常是被成为“贼”或“匪”的。地方志完成在《讨粤匪檄》之后，却没有延用其说法直指学宫是毁于太平军的。
（3）事实上，战火中发生一些建筑毁坏是很常见的，如同样在湖南，太平军攻打长沙时，长沙的学宫是被清军毁掉的，他们在那里屯兵，作灶，甚至放牛马践踏（《重修长沙府学纪略》）
另外，在其它著作如《粤匪犯湖南纪略》《楚寇纪略》《湘军志》《湘军记》中，记载太平军在入湘时，都曾强加给它奸淫掳掠烧杀等不实罪名，但却少见焚毁学宫或有辱孔子的记载，如《粤匪犯湖南纪略》中说
“洪秀全颇知文墨，所造天条又以敬天父为第一要义。自孔圣不加毁灭外，其余诸神概目为邪，遇神则斩，遇庙则烧……”
以上种种，均说明太平军直到湖南为止，主观并无明显的反孔意图（特地把孔圣“不加毁灭”），行动上也无反孔表现。曾国藩指责太平军在湖南毁学宫，焚木主，完全是出于政治需要，对于其行为或动机进行诬蔑或歪曲。
太平军在攻克武昌后，特别是由武昌进军江西安徽之后，的确开始出现了反孔，捣毁孔庙，焚毁儒家经典等情况，但是不能以此就认为曾国藩对其在湖南的行为的诬蔑是正确的，因为正是这样的歪曲，会造成太平军从根本上就反文化传统的错觉。而事实上，在到达武昌前太平天国固然没有什么反孔行为，在太平军定都金陵仅两个月后，杨秀清又借“天父下凡”说孔子“功可补过”，准其在“高天享福”的“好人”，说古书中有很多值得借鉴学习之出，“从此后太平军对儒家的态度已大为缓和，而且也允许儒家著作“六经”“四书”在经过删改后刊刻。
综上所述，太平军对儒家和孔子表现出特别激烈的态度的时间不过三四个月，这显然有其忑特殊背景，因为江南许多卫道士视其为“匪”，斥其不尊礼教，说白了，这些的确封建思想及势力特别顽强，在这些地区的反孔只是斗争的临时需要。当然，太平军也许可以采取更恰当的方式，以免把很多读书人推到自己对立面去，其对知识份子的争取方面也有许多政策不够妥当和值得商榷，但是不能因为一些政策上的失当就认为他们是存心地彻底地想破坏传统文化，何况儒家传统中本来就有不少是应该剔除的封建糟泊，要不然为什么封建王朝要“