军官持刀驱赶士兵，至城下而返，张善羽取弓射酋，中一固山，二甲喇（固山是统帅后金一旗兵力的人，五个甲喇组成一个固山），努尔哈赤被迫停止进攻，退回大营。
第五日，努尔哈赤又兴兵攻城，但已经是强弩之末，东江军弹药充足，在城墙上不断发射大炮，金兵攻城机械损失殆尽，努尔哈赤无计可施，八旗兵后撤，退回金州。
至此，南关大战结束，后金方面损失士兵一万八千，攻城工具皆被焚毁，一旗长官毙命，二甲喇俱身陨；东江军方面，损失士兵七千，其中努尔哈赤重点进攻的南门尚家两兄弟的部队均损失殆尽，主将重伤；其他各门，俱有损失，东门刘綎只剩下一千五百士兵，刘綎轻伤，刘招孙不幸中流矢而亡；西门喻成名、张盘的部队损失最轻，余下二千五百士兵，二将均未受伤；北门耿仲明、耿精忠两兄弟的部队也损失较轻；张善羽的预备队，却损失惨重，三千士兵只剩下千余人。
但南关这场大战，还是以东江军的胜利努尔哈赤的失败而告终。
战斗结束后，张善羽一面拯救受伤的士兵，一面使人飞马向孙承宗报捷，孙承宗接到大捷的消息后大喜，又命人又向朝廷报捷。
努尔哈赤在辽南遭到重大挫折，不久后退出金州，将都城从辽阳北迁到沈阳，南关大战后，努尔哈赤在辽南的攻势瓦解，张善羽率领东江军占领辽南广大地区，以长生岛、大小长山岛为后勤基地，以海为路，以旅顺为中转站，占领了金州、复州、盖州等州郡。后金兵退守海州，张善羽留总兵刘綎、副将喻成名以重兵守盖州，以水师守兔儿岛、连云港和辽河口等地，努尔哈赤与众贝勒迁都沈阳，不敢与之争锋，辽南广大领土，为东江军收复。
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